PDB-3rzs: Apis mellifera OBP14 in complex with Ta6Br14

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rzs

タイトル

Apis mellifera OBP14 in complex with Ta6Br14

要素

OBP14

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / all helical protein / unknown odorant molecules / antennae

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Apis mellifera OBP14, a C-minus odorant-binding protein, and its complexes with odorant molecules.
著者: Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Legrand, P. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

履歴

登録	2011年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rzs.cif.gz	57.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rzs.ent.gz	42.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rzs_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rzs_full_validation.pdf.gz	461 KB	表示
XML形式データ	3rzs_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	3rzs_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/3rzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/3rzs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s0aC 3s0bC 3s0dC 3s0eC 3s0fC 3s0gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s0a-d 3s0g-1 3s0d-d 5ol5-1 3s0f-1 3s0b-d 3fr2-d 3s0e-d 1eio-d 2qdi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: OBP14

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.260, 38.030, 86.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	OBP14 / odorant binding protein 14 分子量: 13553.611 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-135 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) 遺伝子: NP_001035313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1W640
#2: 化合物	ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM 分子量: 2044.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br₁₂Ta₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.8 詳細: 1.8-1.9 M tri-sodium citrate, 25 mM CHES, pH 9.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.2545
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月8日
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2545 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→33.3 Å / Num. all: 9512 / Num. obs: 9512 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 22.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.88→1.98 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 1340 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
BUSTER	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.88→31.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2236	471	5 %	RANDOM
R_work	0.2062	-	-	-
all	0.207	9416	-	-
obs	0.207	9416	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.62 Å² / B_iso mean: 31.78 Å² / B_iso min: 14.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.4047 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.4498 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.9549 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.239 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→31.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	943	0	18	61	1022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	363	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	35	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	126	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	989	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	5	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	138	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1218	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	989	HARMONIC	2	0.011
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1462	HARMONIC	2	1.44
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.81
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				19.08

LS精密化シェル

解像度: 1.88→2.1 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2484	131	4.98 %
R_work	0.2203	2502	-
all	0.2217	2633	-
obs	-	9416	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	-0.0627	-0.0406	0.0309	0.0312	0.0491	0.0004	-0.0004	-0.0035	-0.0007	-0.0009	0.0012	-0.0002	-0.0031	0.0005	0.0105	0.0165	0.0043	-0.0006	-0.0068	-0.0021	16.0852	3.0718	29.8309
2	0.0034	-0.0235	-0.0002	0.0349	0.0418	0.0317	0	0.0014	-0.0005	-0.0007	0.0002	-0.0004	0.0016	0.0018	-0.0003	0.0042	-0.0001	-0.0007	-0.0029	-0.0038	0.0017	18.4543	15.9539	24.1874
3	0	0.0368	-0.0027	0	-0.0064	0	-0.0005	0.0011	-0.0002	-0.0005	0.0004	-0.0017	-0.0008	0.0016	0	-0.0001	-0.0039	-0.0076	-0.0042	-0.0068	0.0026	19.5227	23.9898	31.4135
4	0	0.045	0.0736	0.0233	0.059	0.0056	0.0001	-0.0028	0.0011	0.0007	-0.001	0.0008	-0.0018	0.0006	0.0009	0.0058	0.0016	-0.0156	-0.0147	0.0012	0.0058	12.0501	23.6938	35.9125
5	0.0037	-0.0097	0.1142	0.0191	-0.0016	0.0068	0.0006	0.0007	0.0008	-0.0004	0.0012	-0.0003	0.0016	0.0004	-0.0018	0.0045	0.0031	-0.0092	-0.0079	0.0125	0.0013	11.1535	23.2339	26.4641
6	0.0168	0.0375	0.0259	0.0265	-0.0082	0	-0.0002	0.001	-0.0005	-0.0005	-0.0002	0.0006	0	-0.0011	0.0004	-0.003	-0.0016	-0.0082	-0.0066	0.0049	0.0062	4.6613	14.2564	21.9528
7	0.0021	0.0176	0.0382	0	0.0023	0	0.0002	0.0008	0.0005	0.0005	-0.0003	0.0005	0.0007	-0.0018	0.0002	0.0002	-0.0039	-0.0043	-0.0019	0.0029	0	-0.4512	10.6781	26.7995
8	0.0064	-0.0015	-0.0156	0	0.0093	0	0.0001	-0.0008	0.0004	-0.0015	-0.0002	-0.0013	0.0019	-0.001	0.0001	0	-0.0054	0.002	-0.0036	0.0023	0.0014	3.6553	3.1578	37.5638
9	0.019	-0.0157	-0.0061	0.0132	-0.0079	0.0085	0	0.0003	0.0023	-0.0005	0.0003	-0.0001	-0.0007	0.0001	-0.0003	-0.002	-0.0043	0.0045	0.0001	0.0045	0.0071	-3.4492	11.4125	36.6884
10	0.0104	-0.0257	0.0222	0.003	-0.007	0	0.0002	0.0001	0.0003	-0.0013	0	0.0007	-0.0012	-0.0004	-0.0002	-0.0054	0.0028	-0.0062	-0.0027	0.0026	0.0042	-0.4994	25.0257	28.7985
11	0	0.0296	0.0091	0.012	0.017	0.0193	0	-0.0012	0.001	0.0011	0.0002	0.0004	0.0005	-0.0013	-0.0002	-0.003	-0.0035	0.0048	-0.0047	0.001	0.0005	4.543	17.5303	36.7108
12	0.0149	-0.0127	-0.0174	0.0032	0.0229	0.0022	0.0003	0.0006	0.0002	0.0004	0.0003	0	0.0012	0.0004	-0.0006	0.0009	0.0015	-0.0022	-0.0009	0.0043	0.0009	16.0139	9.1553	38.7057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - A\|10}	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|11 - A\|20}	A	11 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|21 - A\|30}	A	21 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|31 - A\|40}	A	31 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|41 - A\|50}	A	41 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|51 - A\|60}	A	51 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|61 - A\|70}	A	61 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|71 - A\|80}	A	71 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|81 - A\|90}	A	81 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|91 - A\|100}	A	91 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|101 - A\|110}	A	101 - 110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|111 - A\|119}	A	111 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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