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万見
- PDB-2ksp: Mechanism for the selective interaction of C-terminal EH-domain p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ksp
タイトルMechanism for the selective interaction of C-terminal EH-domain proteins with specific NPF-containing partners
要素
  • EH domain-containing protein 1
  • MICAL L1 like peptide
キーワードPROTEIN BINDING / EHD1 / endocytic recycling / protein-protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


slow endocytic recycling / endocytic recycling => GO:0032456 / ciliary pocket membrane / positive regulation of cholesterol storage / small GTPase binding => GO:0031267 / positive regulation of endocytic recycling / plasma membrane tubulation / low-density lipoprotein particle clearance / platelet dense tubular network membrane / clathrin coat of coated pit ...slow endocytic recycling / endocytic recycling => GO:0032456 / ciliary pocket membrane / positive regulation of cholesterol storage / small GTPase binding => GO:0031267 / positive regulation of endocytic recycling / plasma membrane tubulation / low-density lipoprotein particle clearance / platelet dense tubular network membrane / clathrin coat of coated pit / protein localization to endosome / phosphatidic acid binding / protein localization to cilium / endocytic recycling / protein targeting to membrane / positive regulation of myoblast fusion / extrinsic component of membrane / endocytic vesicle / cilium assembly / lipid droplet / receptor-mediated endocytosis / cellular response to nerve growth factor stimulus / cholesterol homeostasis / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / protein homooligomerization / small GTPase binding / positive regulation of neuron projection development / endocytosis / recycling endosome membrane / neuron projection development / late endosome / late endosome membrane / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / early endosome membrane / early endosome / endosome membrane / cadherin binding / calcium ion binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MICAL-like protein / EH domain-containing protein, N-terminal / Domain of unknown function DUF5600 / N-terminal EH-domain containing protein / Domain of unknown function (DUF5600) / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. ...MICAL-like protein / EH domain-containing protein, N-terminal / Domain of unknown function DUF5600 / N-terminal EH-domain containing protein / Domain of unknown function (DUF5600) / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MICAL-like protein 1 / EH domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kieken, F. / Sharma, M. / Jovic, M. / Giridharan, S.S. / Naslavsky, N. / Caplan, S. / Sorgen, P.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Mechanism for the selective interaction of C-terminal Eps15 homology domain proteins with specific Asn-Pro-Phe-containing partners.
著者: Kieken, F. / Sharma, M. / Jovic, M. / Giridharan, S.S. / Naslavsky, N. / Caplan, S. / Sorgen, P.L.
履歴
登録2010年1月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EH domain-containing protein 1
B: MICAL L1 like peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5503
ポリマ－13,5102
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 EH domain-containing protein 1 / Testilin / hPAST1


分子量: 11654.334 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 435-534) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHD1, PAST, PAST1, CDABP0131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H4M9
#2: タンパク質・ペプチド MICAL L1 like peptide / Molecule interacting with Rab13 / MIRab13


分子量: 1855.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q8N3F8
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY
1612D 13CFiltered-13CfilteredNOESY
1712D 13C-filtered-15N editedNOESY
1812D 15N filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] EH domain of EHD1, 2 mM MICAL L1 like peptide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMEH domain of EHD1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2 mMMICAL L1 like peptide-21
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
VNMRVariancollection
ARIA1.2精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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