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万見
- PDB-2kpl: MAGI-1 PDZ1 / E6CT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kpl
タイトルMAGI-1 PDZ1 / E6CT
要素
  • Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
  • Protein E6
キーワードPROTEIN BINDING/ONCOPROTEIN / PDZ domain / ATP-binding / Cell junction / Cell membrane / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Tight junction / Activator / DNA-binding / Early protein / Host-virus interaction / Metal-binding / Nucleus / Oncogene / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger / PROTEIN BINDING-ONCOPROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host transcription / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / positive regulation of cell-cell adhesion / endothelial cell morphogenesis / activation of GTPase activity / alpha-actinin binding / regulation of proteolysis / bicellular tight junction / cell periphery / cell projection ...symbiont-mediated suppression of host transcription / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / positive regulation of cell-cell adhesion / endothelial cell morphogenesis / activation of GTPase activity / alpha-actinin binding / regulation of proteolysis / bicellular tight junction / cell periphery / cell projection / PDZ domain binding / adherens junction / cell junction / cell-cell junction / protein-containing complex assembly / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell cytoplasm / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / DNA-templated transcription / nucleolus / host cell nucleus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Unstructured region on MAGI / Unstructured region on MAGI / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit ...Unstructured region on MAGI / Unstructured region on MAGI / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein E6 / Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Charbonnier, S. / Nomine, Y. / Ramirez, J. / Luck, K. / Stote, R.H. / Trave, G. / Kieffer, B. / Atkinson, R.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The structural and dynamic response of MAGI-1 PDZ1 with non-canonical domain boundaries to binding of human papillomavirus (HPV) E6
著者: Charbonnier, S. / Nomine, Y. / Ramirez, J. / Luck, K. / Chapelle, A. / Stote, R.H. / Trave, G. / Kieffer, B. / Atkinson, R.A.
履歴
登録2009年10月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
B: Protein E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2512
ポリマ－15,2512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 64structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1 / BAI1-associated protein 1 / BAP-1 / Membrane-associated guanylate kinase inverted 1 / MAGI-1 / ...BAI1-associated protein 1 / BAP-1 / Membrane-associated guanylate kinase inverted 1 / MAGI-1 / Atrophin-1-interacting protein 3 / AIP3 / WW domain-containing protein 3 / WWP3 / Trinucleotide repeat-containing gene 19 protein


分子量: 13871.819 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 455-580 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAIAP1, BAP1, MAGI1, TNRC19 / プラスミド: pETM-41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QZ7
#2: タンパク質・ペプチド Protein E6 / E6CT


分子量: 1379.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
遺伝子: E6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03126

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: MAGI-1 PDZ1 / E6CT
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D HN(CO)CA
1233D HNCA
1333D HN(COCA)CB
1433D HN(CA)CB
1533D HNCO
1633D (H)CCH-TOCSY
1733D (H)CCH-COSY
1823D 1H-15N NOESY
1923D 1H-15N TOCSY
11023D 1H-13C NOESY
11112D 1H-1H TOCSY
11212D 1H-1H NOESY
11322D 15N T1
11422D 15N T2
11522D 1H-15N NOE
11633D 12C-filtered 13C-edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2-0.6mM MAGI-1 PDZ1-1, 0.02-0.10mM sodium phosphate-2, 50mM sodium chloride-3, 2mM DTT-4, 0.6-1.8mM E6CT-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.2-0.6mM [U-15N] MAGI-1 PDZ1-6, 0.02-0.10mM sodium phosphate-7, 50mM sodium chloride-8, 2mM DTT-9, 0.6-1.8mM E6CT-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.2-0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MAGI-1 PDZ1-11, 0.02-0.10mM sodium phosphate-12, 50mM sodium chloride-13, 2mM DTT-14, 0.6-1.8mM E6CT-15, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMMAGI-1 PDZ1-10.2-0.61
mMsodium phosphate-20.02-0.101
50 mMsodium chloride-31
2 mMDTT-41
mME6CT-50.6-1.81
mMMAGI-1 PDZ1-6[U-15N]0.2-0.62
mMsodium phosphate-70.02-0.102
50 mMsodium chloride-82
2 mMDTT-92
mME6CT-100.6-1.82
mMMAGI-1 PDZ1-11[U-100% 13C; U-100% 15N]0.2-0.63
mMsodium phosphate-120.02-0.103
50 mMsodium chloride-133
2 mMDTT-143
mME6CT-150.6-1.83
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
XEASYCARABartels et al.chemical shift assignment
ATNOS-CANDIDHerrmann, Guntert, Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: NMR_WATERREFINE protocol
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 64 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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