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万見
- PDB-2knh: The Solution structure of the eTAFH domain of AML1-ETO complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2knh
タイトルThe Solution structure of the eTAFH domain of AML1-ETO complexed with HEB peptide
要素
  • Protein CBFA2T1
  • Transcription factor 12
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / AML1-ETO / eTAFH / HEB / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Proto-oncogene / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger / Developmental protein / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to gonadotropin-releasing hormone / cAMP response element binding / HMG box domain binding / bHLH transcription factor binding / NGF-stimulated transcription / muscle organ development / negative regulation of fat cell differentiation / Myogenesis / E-box binding / SMAD binding ...response to gonadotropin-releasing hormone / cAMP response element binding / HMG box domain binding / bHLH transcription factor binding / NGF-stimulated transcription / muscle organ development / negative regulation of fat cell differentiation / Myogenesis / E-box binding / SMAD binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of neuron differentiation / nuclear matrix / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nervous system development / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / immune response / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TAFH/NHR1 domain / Protein CBFA2T1 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 ...TAFH/NHR1 domain / Protein CBFA2T1 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein CBFA2T1 / Transcription factor 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Park, S. / Cierpicki, T. / Tonelli, M. / Bushweller, J.H.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2009
タイトル: Structure of the AML1-ETO eTAFH domain-HEB peptide complex and its contribution to AML1-ETO activity.
著者: Park, S. / Chen, W. / Cierpicki, T. / Tonelli, M. / Cai, X. / Speck, N.A. / Bushweller, J.H.
履歴
登録2009年8月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CBFA2T1
B: Transcription factor 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6142
ポリマ－13,6142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein CBFA2T1 / Protein MTG8 / Protein ETO / Eight twenty one protein / Cyclin-D-related protein / Zinc finger MYND ...Protein MTG8 / Protein ETO / Eight twenty one protein / Cyclin-D-related protein / Zinc finger MYND domain-containing protein 2


分子量: 11623.448 Da / 分子数: 1 / 断片: eTAFH domain (UNP residues 119-216) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUNX1T1, AML1T1, CBFA2T1, CDR, ETO, MTG8, ZMYND2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06455
#2: タンパク質・ペプチド Transcription factor 12 / Transcription factor HTF-4 / E-box-binding protein / DNA-binding protein HTF4


分子量: 1990.214 Da / 分子数: 1 / 断片: HEB peptide (UNP residues 11-28) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99081

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D HNHA
1713D HNCO
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 25 mM Bis-Tris, 1 mM EDTA, 350 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
25 mMBis-Tris-11
1 mMEDTA-21
350 mMsodium chloride-31
試料状態イオン強度: 350 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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