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万見
- PDB-2kmu: RecQL4 Amino-terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kmu
タイトルRecQL4 Amino-terminal Domain
要素ATP-dependent DNA helicase Q4
キーワードHYDROLASE / RECQL4 / HELICASE / DNA-REPLICATION / HOMEODOMAIN-LIKE / ATP-binding / Cataract / Craniosynostosis / Disease mutation / Dwarfism / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


telomeric D-loop binding / DNA/DNA annealing activity / telomeric D-loop disassembly / bubble DNA binding / oxidized purine DNA binding / DNA 3'-5' helicase / telomere maintenance / isomerase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination ...telomeric D-loop binding / DNA/DNA annealing activity / telomeric D-loop disassembly / bubble DNA binding / oxidized purine DNA binding / DNA 3'-5' helicase / telomere maintenance / isomerase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1460 / DNA replication/checkpoint protein / DNA replication and checkpoint protein / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1460 / DNA replication/checkpoint protein / DNA replication and checkpoint protein / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DNA helicase Q4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Ohlenschlager, O. / Gorlach, M. / Pospiech, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The N-terminus of the human RecQL4 helicase is a homeodomain-like DNA interaction motif
著者: Ohlenschlager, O. / Kuhnert, A. / Schneider, A. / Haumann, S. / Bellstedt, P. / Keller, H. / Saluz, H.P. / Hortschansky, P. / Hanel, F. / Grosse, F. / Gorlach, M. / Pospiech, H.
履歴
登録2009年8月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase Q4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8511
ポリマ－6,8511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase Q4 / RecQL4 / RecQ protein-like 4 / RecQ4 / RTS


分子量: 6850.646 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-54 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL4, RECQ4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: O94761, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HN(CA)CB
1423D H(CCO)NH
1513D HNHA
1623D (H)CCH-TOCSY
1723D (H)CCH-COSY
1813D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2mM [U-99% 15N] RECQL4NT-1, 20mM [U-2H] TRIS-2, 100mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RECQL4NT-4, 20mM [U-2H] TRIS-5, 100mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMRECQL4NT-1[U-99% 15N]1
20 mMTRIS-2[U-2H]1
100 mMsodium chloride-31
1.0 mMRECQL4NT-4[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMTRIS-5[U-2H]2
100 mMsodium chloride-62
試料状態イオン強度: 0.100M NaCl / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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