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万見
- PDB-2km2: Galectin-1 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2km2
タイトルGalectin-1 dimer
要素Galectin-1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galectin / dimer / lectin / beta-sheet / Acetylation / Extracellular matrix / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


galectin complex / lactose binding / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / plasma cell differentiation / myoblast differentiation / T cell costimulation / laminin binding / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response ...galectin complex / lactose binding / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / plasma cell differentiation / myoblast differentiation / T cell costimulation / laminin binding / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / : / regulation of apoptotic process / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of apoptotic process / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / apoptotic process / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nesmelova, I.V. / Ermakova, E. / Daragan, V.A. / Pang, M. / Baum, L.G. / Mayo, K.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Lactose binding to galectin-1 modulates structural dynamics, increases conformational entropy, and occurs with apparent negative cooperativity.
著者: Nesmelova, I.V. / Ermakova, E. / Daragan, V.A. / Pang, M. / Menendez, M. / Lagartera, L. / Solis, D. / Baum, L.G. / Mayo, K.H.
履歴
登録2009年7月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-1
B: Galectin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1992
ポリマ－29,1992
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Galectin-1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Lactose-binding ...Lectin galactoside-binding soluble 1 / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Lactose-binding lectin 1 / S-Lac lectin 1 / Galaptin / 14 kDa lectin / HPL / HBL / Putative MAPK-activating protein PM12


分子量: 14599.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09382

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: HN(CA)CB, CBCA(CO)NH, 3D 1H-15N NOESY, 3D 1H-13C NOESY, (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.8-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] galectin-1-1, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料単位: mM / 構成要素: galectin-1-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] / Conc. range: 0.8-1
試料状態イオン強度: 20 / pH: 5.2 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XPLOR-NIH2.18Brunger A. T. et.al.精密化
XPLOR-NIH2.18Brunger A. T. et.al.構造決定
NMRPipe構造決定
NMRView構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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