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Yorodumi- PDB-6uvf: Crystal structure of BCL-XL bound to compound 12: (R)-2-(3-([1,1'... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6uvf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of BCL-XL bound to compound 12: (R)-2-(3-([1,1'-Biphenyl]-4-carbonyl)-3-(4-methylbenzyl)ureido)-3-((cyclohexylmethyl)sulfonyl)propanoic acid | ||||||
Components | Bcl-2-like protein 1 | ||||||
Keywords | Apoptosis/INHIBITOR / Apoptosis / BCL-2 family / BCL-XL / inhibitor / Apoptosis-INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationapoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / male gonad development / endocytosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / RAS processing / synaptic vesicle membrane / channel activity / neuron apoptotic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / spermatogenesis / nuclear membrane / defense response to virus / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.24 Å | ||||||
Authors | Roy, M.J. / Lessene, G. / Czabotar, P.E. | ||||||
| Funding support | Australia, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2021Title: Structure-Guided Development of Potent Benzoylurea Inhibitors of BCL-X L and BCL-2. Authors: Roy, M.J. / Vom, A. / Okamoto, T. / Smith, B.J. / Birkinshaw, R.W. / Yang, H. / Abdo, H. / White, C.A. / Segal, D. / Huang, D.C.S. / Baell, J.B. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. / Lessene, G. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6uvf.cif.gz | 722.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6uvf.ent.gz | 601.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6uvf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6uvf_validation.pdf.gz | 882.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6uvf_full_validation.pdf.gz | 890 KB | Display | |
| Data in XML | 6uvf_validation.xml.gz | 4.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6uvf_validation.cif.gz | 21.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6uvcC ![]() 6uvdC ![]() 6uveC ![]() 6uvgC ![]() 6uvhC ![]() 2yxjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 17917.959 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BCL2L1, BCL2L, BCLX / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-QHS / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.77 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 14, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.24→47.52 Å / Num. obs: 93096 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 7.517 % / Biso Wilson estimate: 54.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 699798 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2YXJ Resolution: 2.24→47.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.281 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.263 / SU Rfree Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.199
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| Displacement parameters | Biso max: 182.4 Å2 / Biso mean: 74.21 Å2 / Biso min: 29.64 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.24→47.52 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.24→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Australia, 1items
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