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- PDB-6uvh: Crystal structure of BCL-XL bound to compound 15: (R)-2-(3-(2-((4... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6uvh
タイトルCrystal structure of BCL-XL bound to compound 15: (R)-2-(3-(2-((4'-Chloro-[1,1'-biphenyl]-2-yl)methyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-carbonyl)-3-(4-methylbenzyl)ureido)-3-((cyclohexylmethyl)sulfonyl)propanoic acid
要素Bcl-2-like protein 1
キーワードApoptosis/INHIBITOR / Apoptosis (アポトーシス) / BCL-2 family (Bcl-2ファミリー) / BCL-XL (Bcl-xL) / inhibitor (酵素阻害剤) / Apoptosis-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / 受精 / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / BH3 domain binding / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / エンドサイトーシス / RAS processing / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / 精子形成 / neuron apoptotic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / 核膜 / ミトコンドリア内膜 / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / ミトコンドリアマトリックス / protein heterodimerization activity / 中心体 / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QHJ / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Roy, M.J. / Lessene, G. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Guided Development of Potent Benzoylurea Inhibitors of BCL-X L and BCL-2.
著者: Roy, M.J. / Vom, A. / Okamoto, T. / Smith, B.J. / Birkinshaw, R.W. / Yang, H. / Abdo, H. / White, C.A. / Segal, D. / Huang, D.C.S. / Baell, J.B. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. / Lessene, G.
履歴
登録2019年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1
C: Bcl-2-like protein 1
D: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,95111
ポリマ－71,6724
非ポリマー3,2807
水1,72996
1
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5076
ポリマ－35,8362
非ポリマー1,6714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area14160 Å2
手法PISA
2
C: Bcl-2-like protein 1
D: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4455
ポリマ－35,8362
非ポリマー1,6093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.026, 65.931, 77.133
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Bcl-2-like protein 1 / / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 17917.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-QHJ / (R)-2-(3-(2-((4'-Chloro-[1,1'-biphenyl]-2-yl)methyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-carbonyl)-3-(4-methylbenzyl)ureido)-3-((cyclohexylmethyl)sulfonyl)propanoic acid


分子量: 756.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H46ClN3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→30.26 Å / Num. obs: 38181 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.768 % / Biso Wilson estimate: 46.88 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 11.66 / Num. measured all: 143865
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.19-2.323.7310.7941.7821531624357710.6940.92692.4
2.32-2.483.8420.5172.7822228586857860.840.698.6
2.48-2.683.8410.3244.3320955553854550.9230.37798.5
2.68-2.943.8240.1797.419088504849920.9740.20898.9
2.94-3.283.8080.10212.1417367460845610.990.11999
3.28-3.793.7560.05520.315075406040140.9960.06498.9
3.79-4.643.6760.04227.0712562344634170.9970.04999.2
4.64-6.553.6040.03929.259587268326600.9970.04599.1
6.55-30.263.5880.03133.565472154215250.9980.03698.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YXJ

2yxj


解像度: 2.19→30.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.221 / SU Rfree Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.186
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1908 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.208 38168 97.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 156.51 Å2 / Biso mean: 62.34 Å2 / Biso min: 21.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2796 Å20 Å21.8732 Å2
2---10.5513 Å20 Å2
3---6.2717 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→30.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4501 0 226 96 4823
Biso mean--74.96 50.41 -
残基数----561
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1678SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes954HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4868HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion564SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5745SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4868HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6615HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.78
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 38 4.97 %
Rwork0.2516 726 -
all0.2518 764 -
obs--66.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.327-0.187-0.24873.45722.24232.0383-0.03460.15420.1006-0.62490.2028-0.2008-0.3265-0.0746-0.1682-0.0352-0.0999-0.0093-0.0560.0308-0.166541.5788-9.736119.8652
22.8867-3.1534-2.75214.15824.2488.07760.18970.39350.11770.12170.0219-0.45710.28890.6919-0.2116-0.2403-0.15840.0049-0.0093-0.0607-0.299150.52-28.22825.0371
31.991.9151-0.06781.6020.18511.309-0.11140.14270.33850.02880.06110.4804-0.1882-0.20450.0503-0.138-0.0274-0.0128-0.010.0272-0.000314.2063-26.75528.1011
45.6959-0.08880.06172.15821.05482.05230.09250.8169-0.69250.2139-0.18380.1580.3572-0.22280.0913-0.2327-0.1150.02750.0372-0.0984-0.13081.6036-48.101821.4918
50.96120.2651-0.64920.58980.5060.9712-0.02180.11620.0022-0.0311-0.03730.1804-0.0403-0.01890.0591-0.00730.0548-0.1399-0.01470.0896-0.100232.2392-27.287616.4739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-1 - A|196 }A-1 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|196 }B1 - 196
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|196 }C1 - 196
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|1 - D|196 }D1 - 196
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|303 - A|303 C|301 - C|301 B|301 - B|301 D|302 - D|302 }A303
6X-RAY DIFFRACTION5{ A|303 - A|303 C|301 - C|301 B|301 - B|301 D|302 - D|302 }C301
7X-RAY DIFFRACTION5{ A|303 - A|303 C|301 - C|301 B|301 - B|301 D|302 - D|302 }B301
8X-RAY DIFFRACTION5{ A|303 - A|303 C|301 - C|301 B|301 - B|301 D|302 - D|302 }D302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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