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- PDB-2klr: Solid-state NMR structure of the alpha-crystallin domain in alpha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2klr
タイトルSolid-state NMR structure of the alpha-crystallin domain in alphaB-crystallin oligomers
要素Alpha-crystallin B chain
キーワードCHAPERONE / Protein / dimer / oligomer / heterogeneity / intermolecular interactions / sHSP / human / small heat-shock protein / Cataract / Desmin-related myopathy / Disease mutation / Eye lens protein / Glycoprotein / Methylation / Oxidation / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / cardiac myofibril / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / cardiac myofibril / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / response to hydrogen peroxide / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / microtubule binding / dendritic spine / perikaryon / response to hypoxia / lysosome / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone ...Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Jehle, S. / Rajagopal, P. / Markovic, S. / Bardiaux, B. / Kuehne, R. / Higman, V.A. / Klevit, R.E. / van Rossum, B. / Oschkinat, H.
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Solid-state NMR and SAXS studies provide a structural basis for the activation of alphaB-crystallin oligomers.
著者: Stefan Jehle / Ponni Rajagopal / Benjamin Bardiaux / Stefan Markovic / Ronald Kühne / Joseph R Stout / Victoria A Higman / Rachel E Klevit / Barth-Jan van Rossum / Hartmut Oschkinat /
要旨: The small heat shock protein alphaB-crystallin (alphaB) contributes to cellular protection against stress. For decades, high-resolution structural studies on oligomeric alphaB have been confounded by ...The small heat shock protein alphaB-crystallin (alphaB) contributes to cellular protection against stress. For decades, high-resolution structural studies on oligomeric alphaB have been confounded by its polydisperse nature. Here, we present a structural basis of oligomer assembly and activation of the chaperone using solid-state NMR and small-angle X-ray scattering (SAXS). The basic building block is a curved dimer, with an angle of approximately 121 degrees between the planes of the beta-sandwich formed by alpha-crystallin domains. The highly conserved IXI motif covers a substrate binding site at pH 7.5. We observe a pH-dependent modulation of the interaction of the IXI motif with beta4 and beta8, consistent with a pH-dependent regulation of the chaperone function. N-terminal region residues Ser59-Trp60-Phe61 are involved in intermolecular interaction with beta3. Intermolecular restraints from NMR and volumetric restraints from SAXS were combined to calculate a model of a 24-subunit alphaB oligomer with tetrahedral symmetry.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: AlphaB-crystallin: a hybrid solid-state/solution-state NMR investigation reveals structural aspects of the heterogeneous oligomer.
著者: Jehle, S. / van Rossum, B. / Stout, J.R. / Noguchi, S.M. / Falber, K. / Rehbein, K. / Oschkinat, H. / Klevit, R.E. / Rajagopal, P.
履歴
登録2009年7月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-crystallin B chain
B: Alpha-crystallin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3842
ポリマ－40,3842
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-0.352219, 0.835492, -0.421776), (-0.808833, -0.498466, -0.311962), (-0.470883, 0.231268, 0.851343)-19.63822, 37.0625, -5.49449
3generate(-0.355727, -0.809154, -0.467684), (0.83248, -0.501776, 0.234942), (-0.424777, -0.305763, 0.8521)20.45375, 36.11392, 7.93886
詳細The authors state that the NCS Matrix for the hexamer should be applied to model 7 in the ensemble.

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要素

#1: タンパク質 Alpha-crystallin B chain / Alpha(B)-crystallin / Rosenthal fiber component / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal ...Alpha(B)-crystallin / Rosenthal fiber component / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27


分子量: 20191.930 Da / 分子数: 2
断片: Alpha-crystallin domain homodimer in oligomers of alphaB-crystallin
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYAB, CRYA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02511
配列の詳細THE HOMOGENEOUS PART OF THE ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN DIMER IN OLIGOMERS OF HUMAN ALPHAB CRYSTALLIN ...THE HOMOGENEOUS PART OF THE ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN DIMER IN OLIGOMERS OF HUMAN ALPHAB CRYSTALLIN IS SHOWN IN THIS STRUCTURE. RESIDUES THAT SHOW A SINGLE NMR SIGNAL SET FOR C', CA AND CB WERE INCLUDED IN THE STRUCTURE CALCULATION. SUBJECT OF THE STUDY WAS THE FULL LENGTH PROTEIN (UNIPROT ID P02511).

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 13C-13C PDSD
1222D 13C-13C PDSD
1332D 13C-13C CHHC
1432D 13C-13C PDSD
1513D 15N-13C-13C NCACX
1623D 15N-13C-13C NCACX
1713D 15N-13C-13C NCOCX
1823D 15N-13C-13C NCOCX
1942D 15N-13C TEDOR
11052D 15N-13C TEDOR
11142D 15N-13C NHHC
11252D 15N-13C NHHC
11342D 15N-13C PAIN

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
118 mg [1,3-13C]-glycerol; U-100% 15 alphaB-crystallin, 100% H2O100% H2O
217 mg [2-13C]-glycerol; U-100% 15N alphaB-crystallin, 100% H2O100% H2O
34 mg [U-100% 13C; U-100% 15N] alphaB-crystallin, 16 mg alphaB-crystallin, 100% H2O100% H2O
410 mg [U-100% 15N]; [U-100% 12C] 13C depleted alphaB-crystallin, 10 mg [2-13C]-glycerol ; U-100% 15N alphaB-crystallin, 100% H2O100% H2O
510 mg [U-100% 15N]; [U-100% 12C] 13C depleted alphaB-crystallin, 10 mg [1,3-13C]-glycerol ; U-100% 15N alphaB-crystallin, 100% H2O100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
18 mg/mLalphaB-crystallin-1[1,3-13C]-glycerol; U-100% 151
17 mg/mLalphaB-crystallin-2[2-13C]-glycerol ; U-100% 15N2
4 mg/mLalphaB-crystallin-3[U-100% 13C; U-100% 15N]3
16 mg/mLalphaB-crystallin-43
10 mg/mLalphaB-crystallin-5[U-100% 15N]; [U-100% 12C] 13C depleted4
10 mg/mLalphaB-crystallin-6[2-13C]-glycerol ; U-100% 15N4
10 mg/mLalphaB-crystallin-7[U-100% 15N]; [U-100% 12C] 13C depleted5
10 mg/mLalphaB-crystallin-8[1,3-13C]-glycerol ; U-100% 15N5
試料状態pH: 7.6 / 温度: 270 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE4001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle determination
ARIA2.2Rieping W, Habeck M, Bardiaux B, Bernard A, Malliavin TE, Nilges M.構造決定
ARIA2.2Rieping W, Habeck M, Bardiaux B, Bernard A, Malliavin TE, Nilges M.精密化
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
SOLARIA1(SOLARIA) Fossi M, Castellani F, Nilges M, Oschkinat H, van Rossum BJ.構造決定
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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