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- PDB-2kgp: Structural basis for stabilization of the tau pre-mRNA splicing r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kgp
タイトルStructural basis for stabilization of the tau pre-mRNA splicing regulatory element by Novantrone (Mitoxantrone)
要素RNA (25-MER)
キーワードRNA / tau pre-mRNA / splicing regulatory element / Mitoxantrone / Novantrone / RNA-small molecule / Tauopathies
機能・相同性Chem-MIX / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Zheng, S. / Chen, Y. / Donahue, C.P. / Wolfe, M.S. / Varani, G.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for stabilization of the tau pre-mRNA splicing regulatory element by novantrone (mitoxantrone).
著者: Zheng, S. / Chen, Y. / Donahue, C.P. / Wolfe, M.S. / Varani, G.
履歴
登録2009年3月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月7日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4352
ポリマ－7,9911
非ポリマー4441
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (25-MER)


分子量: 7990.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic RNA
#2: 化合物 ChemComp-MIX / 1,4-DIHYDROXY-5,8-BIS({2-[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)-9,10-ANTHRACENEDIONE / MITOXANTRONE / 1,4-DIHYDROXY-5,8-BIS({2-[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)ANTHRA-9,10-QUINONE / ミトキサントロン


分子量: 444.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N4O6 / コメント: 抗腫瘍剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-1H TOCSY
1322D 1H-1H NOESY
1432D 1H-1H TOCSY
1532D 1H-1H NOESY
1642D 1H-13C HSQC
1743D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8~1.8 mM tau pre-mRNA splicing regulatory element-1, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8~1.8 mM tau pre-mRNA splicing regulatory element-2, 100% D2O100% D2O
30.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] tau pre-mRNA splicing regulatory element-3, 100% D2O100% D2O
40.8~1.2 mM Partial deuterated nucleotides tau pre-mRNA splicing regulatory element-4, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMtau pre-mRNA splicing regulatory element-10.8-1.81
mMtau pre-mRNA splicing regulatory element-20.8-1.82
0.8 mMtau pre-mRNA splicing regulatory element-3[U-99% 13C; U-99% 15N]3
mMtau pre-mRNA splicing regulatory element-4Partial deuterated nucleotides0.8-1.24
試料状態イオン強度: 10 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 277 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE7504

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorechemical shift calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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