PDB-2kgh: Solution structure of Brachyperma ruhnaui toxin 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kgh

タイトル

Solution structure of Brachyperma ruhnaui toxin 2

要素

Venom peptide 2

キーワード

TOXIN / insecticidal peptides / Disulfide bond / Neurotoxin / Secreted

機能・相同性

Huwentoxin-II family / Huwentoxin-II family / Huwentoxin-2 family signature. / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Omega-theraphotoxin-Ba1b

機能・相同性情報

生物種

Brachypelma ruhnaui (クモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Corzo, G. / Bernard, C. / Clement, H. / Bosmans, F. / Tygat, J. / Possani, L.D. / Darbon, H. / Alagon, A.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Insecticidal peptides from the theraposid spider Brachypelma albiceps: an NMR-based model of Ba2.
著者: Corzo, G. / Bernard, C. / Clement, H. / Villegas, E. / Bosmans, F. / Tytgat, J. / Possani, L.D. / Darbon, H. / Alagon, A.

履歴

登録	2009年3月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kgh.cif.gz	290.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kgh.ent.gz	247 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kgh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/2kgh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/2kgh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1s6x-d 6br0-d 1lu8-d 1qk6-d 2aap-d 1hha-1 5ypf-4 2idn-d 1e8p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 7123

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Venom peptide 2

4.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 40	structures with acceptable covalent geometry
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Venom peptide 2 分子量: 4457.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brachypelma ruhnaui (クモ) / 参照: UniProt: P85504
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM protein-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: protein-1
試料状態	pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 290 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker Biospin	collection
XPLOR-NIH			精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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