PDB-2aap: Solution structure of jingzhaotoxin-vii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aap

タイトル

Solution structure of jingzhaotoxin-vii

要素

Jingzhaotoxin-Vii

キーワード

TOXIN / spider toxin / ICK motif

機能・相同性

Huwentoxin, conserved site-1 / Huwentoxin-1 family signature. / Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / U1-theraphotoxin-Cg1a 1

機能・相同性情報

生物種

Chilobrachys jingzhao (クモ)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation, torsion angle dynamics

データ登録者

Liao, Z. / Liang, S.P.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Solution structure of jingzhaotoxin-vii
著者: Liao, Z. / Liang, S.P.

履歴

登録	2005年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aap.cif.gz	187 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aap.ent.gz	155.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2aap_validation.pdf.gz	337.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2aap_full_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示
XML形式データ	2aap_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	2aap_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/2aap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/2aap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zjq
類似構造データ	1s6x-d 1qk6-d 2kgh-d 1lu8-d 5ypb-4 6br0-d 1zjq-d 1hha-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Jingzhaotoxin-Vii

3.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Jingzhaotoxin-Vii 分子量: 3613.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chilobrachys jingzhao (クモ) / 参照: UniProt: P0C2X7*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 6mM Jingzhaotoxin-vii; 20mM DEUTERIUM ACETIC ACID NA; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 20 / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Felix	98		データ解析
X-PLOR	NIH2.9.6	Brunger	構造決定
X-PLOR	NIH2.9.6		精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 405 NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 6 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS, 9 FAKE DISTANCE RESTRAINTS FROM DISULFIDE BONDS and 22 H-bond RESTRAINTS

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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