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万見
- PDB-2kdu: Structural basis of the Munc13-1/Ca2+-Calmodulin interaction: A n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kdu
タイトルStructural basis of the Munc13-1/Ca2+-Calmodulin interaction: A novel 1-26 calmodulin binding motif with a bipartite binding mode
要素
  • Calmodulin
  • Protein unc-13 homolog A
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/EXOCYTOSIS / protein / calmodulin / Munc13 / calcium / Acetylation / Methylation / Alternative splicing / Cell junction / Cell membrane / Coiled coil / Cytoplasm / Exocytosis / Membrane / Metal-binding / Phorbol-ester binding / Phosphoprotein / Synapse / Zinc / Zinc-finger / METAL BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING COMPLEX / METAL BINDING PROTEIN-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


dense core granule priming / neuronal dense core vesicle exocytosis / diacylglycerol binding / synaptic vesicle docking / regulation of synaptic vesicle priming / synaptic vesicle maturation / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / neurotransmitter secretion ...dense core granule priming / neuronal dense core vesicle exocytosis / diacylglycerol binding / synaptic vesicle docking / regulation of synaptic vesicle priming / synaptic vesicle maturation / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / neurotransmitter secretion / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / syntaxin binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / myosin II complex / innervation / syntaxin-1 binding / positive regulation of neurotransmitter secretion / Golgi-associated vesicle / synaptic vesicle priming / spectrin binding / neuromuscular junction development / synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone / excitatory synapse / amyloid-beta metabolic process / calyx of Held / SNARE binding / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / neuromuscular junction / phospholipid binding / long-term synaptic potentiation / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / presynapse / presynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / protein domain specific binding / axon / signaling receptor binding / synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mammalian uncoordinated homology 13, domain 2 / Protein Unc-13 / Protein Unc-13, C2B domain / Munc13-homology domain 2 (MHD2) profile. / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / Domain of Unknown Function (DUF1041) / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) ...Mammalian uncoordinated homology 13, domain 2 / Protein Unc-13 / Protein Unc-13, C2B domain / Munc13-homology domain 2 (MHD2) profile. / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / Domain of Unknown Function (DUF1041) / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / : / C2 domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Calmodulin-2 B / Protein unc-13 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Rodriguez-Castaneda, F.A. / Maestre-Martinez, M. / Coudevylle, N. / Dimova, K. / Jahn, O. / Junge, H. / Becker, S. / Brose, N. / Carlomagno, T. / Griesinger, C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Modular architecture of Munc13/calmodulin complexes: dual regulation by Ca2+ and possible function in short-term synaptic plasticity.
著者: Rodriguez-Castaneda, F. / Maestre-Martinez, M. / Coudevylle, N. / Dimova, K. / Junge, H. / Lipstein, N. / Lee, D. / Becker, S. / Brose, N. / Jahn, O. / Carlomagno, T. / Griesinger, C.
履歴
登録2009年1月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Protein unc-13 homolog A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0586
ポリマ－20,8982
非ポリマー1604
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 16721.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: calm1, calm2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62155, UniProt: P0DP33*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Protein unc-13 homolog A / Munc13-1


分子量: 4176.828 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 458-492, Calmodulin binding domain / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q62768
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D CBCA(CO)NH
1213D HN(CA)CB
1313D HNCO
1413D HN(CA)CO
1513D 1H-15N NOESY
1613D H(CCO)NH
1712D 1H-13C HSQC
1833D 1H-13C NOESY
1933D (H)CCH-TOCSY
11032D 1H-13C HSQC
11112D 1H-15N HSQC
11222D 1H-15N HSQC
11323D 1H-15N NOESY
11423D HNCO
11523D HN(CA)CO
11623D HN(CA)CB
11723D CBCA(CO)NH
11823D C(CO)NH
11923D H(CCO)NH
12023D (H)CCH-TOCSY
12113D C(CO)NH
12212D (IPAP)1H-15N HSQC
12322D (IPAP)1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110 mM calcium, 1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] calmodulin, 1.8 mM Munc13-1, 150 mM potassium chloride, 20 mM BIS-TRIS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
210 mM calcium, 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Munc13-1, 0.6 mM calmodulin, 150 mM potassium chloride, 20 mM BIS-TRIS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
310 mM calcium, 1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] calmodulin, 1.8 mM Munc13, 150 mM potassium chloride, 20 mM BIS-TRIS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMcalcium-11
1.5 mMcalmodulin-2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.8 mMMunc13-1-31
150 mMpotassium chloride-41
20 mMBIS-TRIS-51
10 mMcalcium-62
0.5 mMMunc13-1-7[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.6 mMcalmodulin-82
150 mMpotassium chloride-92
20 mMBIS-TRIS-102
10 mMcalcium-113
1.5 mMcalmodulin-12[U-99% 13C; U-99% 15N]3
1.8 mMMunc13-1-133
150 mMpotassium chloride-143
20 mMBIS-TRIS-153
試料状態pH: 6.8 / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004
Bruker DMXBrukerDMX8005

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
FelixAccelrys Software Inc.解析
SparkyGoddardpeak picking
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Residual Dipolar Couplings refinement protocol
NMR constraintsNOE constraints total: 1647 / NOE intraresidue total count: 360 / NOE long range total count: 184 / NOE medium range total count: 557 / NOE sequential total count: 327
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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