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万見
- PDB-2kdq: Simultaneous recognition of HIV-1 TAR RNA bulge and loop sequence... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kdq
タイトルSimultaneous recognition of HIV-1 TAR RNA bulge and loop sequences by cyclic peptide mimic of Tat protein
要素
  • HIV-1 TAR RNA
  • L-22 CYCLIC PEPTIDE
キーワードRNA binding protein/RNA / PEPTIDOMIMETICS / PEPTIDE STRUCTURE / RNA RECOGNITION / IMMUNODEFICIENCY VIRUS / TAR RNA / mimic of RNA binding protein / RNA binding protein-RNA COMPLEX
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 7
データ登録者Davidson, A. / Leeper, T.C. / Varani, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Simultaneous recognition of HIV-1 TAR RNA bulge and loop sequences by cyclic peptide mimics of Tat protein
著者: Davidson, A. / Leeper, T.C. / Athanassiou, Z. / Patora-Komisarska, K. / Karn, J. / Robinson, J.A. / Varani, G.
履歴
登録2009年1月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-22 CYCLIC PEPTIDE
B: HIV-1 TAR RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0762
ポリマ－11,0762
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100Lowest energy, least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド L-22 CYCLIC PEPTIDE


分子量: 1768.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE L-22 PEPTIDE WAS SYNTHESIZED BY SOLID PHASE SYNTHESIS AND PURIFIED BY REVERSE PHASE HPLC
#2: RNA鎖 HIV-1 TAR RNA


分子量: 9307.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA WAS TRANSCRIBED IN VITRO FROM DNA OLIGONUCLEOTIDE TEMPLATES WITH T7 RNA POLYMERASE PURIFIED IN HOUSE WITH UNLABELED OR 13C/15N ENRICHED NTPS (ISOTEC) AND PURIFIED BY DENATURING PAGE.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D-13C HMQC NOESY, 3D (H)CCH TOCSY, IPAP-HSQC
22415N HSQC
1312D NOESY
2422D WATERGATE NOESY
153F1fF2f-type NOESY, F1fF2f-type TOCSY, 2D (H)CCH-COSY
1652D 1H-1H NOESY
274F1fF2f-type WATERGATE NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0mM HIV-1 TAR RNA-1, 1.0mM L-22 CYCLIC PEPTIDE-2, 100% D2O100% D2O
21.0mM HIV-1 TAR RNA-3, 1.0mM L-22 CYCLIC PEPTIDE-4, 90 % H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HIV-1 TAR RNA-5, 1.0mM L-22 CYCLIC PEPTIDE-6, 100% D2O100% D2O
41.0mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HIV-1 TAR RNA-7, 1.0mM L-22 CYCLIC PEPTIDE-8, 90 % H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
51.0mM [U-2H] HIV-1 TAR RNA-9, 1.0mM L-22 CYCLIC PEPTIDE-10, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMentity_3-11
1.0 mMentity_6-21
1.0 mMentity_3-32
1.0 mMentity_6-42
1.0 mMentity_3-5[U-98% 13C; U-98% 15N]3
1.0 mMentity_6-63
1.0 mMentity_3-7[U-98% 13C; U-98% 15N]4
1.0 mMentity_6-84
1.0 mMentity_3-9[U-2H]5
1.0 mMentity_6-105
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM potassium phosphate 6.6ambient 298 K
210 mM potassium phosphate 6.6ambient 277 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Varian InovaVarianINOVA8003
Bruker AVIIIBrukerAVIII6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.16.0C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, N. Tjandra and G.M. Clore構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
X-PLOR NIH2.16.0C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, N. Tjandra and G.M. Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures of the HIV-1 TAR RNA/L-22 complex were calculated with Xplor-NIH. Backbone dihedral angle restraints for the peptide were estimated using chemical shift data and TALOS. Structures ...詳細: Structures of the HIV-1 TAR RNA/L-22 complex were calculated with Xplor-NIH. Backbone dihedral angle restraints for the peptide were estimated using chemical shift data and TALOS. Structures were originally calculated without RDCs to test for convergence and adherence to the NOE data. RDC restraints were then applied as susceptibility anisotropy restraints with a harmonic potential well.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Lowest energy, least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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