PDB-3u3b: Crystal Structure of Computationally Redesigned Four-Helix Bundle

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u3b

タイトル

Crystal Structure of Computationally Redesigned Four-Helix Bundle

要素

computationally designed four-helix bundle protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Four-Helix Bundle / Flexible Backbone Protein Design / hyperthermostable

機能・相同性

HPT domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.854 Å

データ登録者

Murphy, G.S. / Machius, M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Increasing sequence diversity with flexible backbone protein design: the complete redesign of a protein hydrophobic core.
著者: Murphy, G.S. / Mills, J.L. / Miley, M.J. / Machius, M. / Szyperski, T. / Kuhlman, B.

履歴

登録	2011年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u3b.cif.gz	101.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u3b.ent.gz	79.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u3b_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u3b_full_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示
XML形式データ	3u3b_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	3u3b_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tqg 2lch
類似構造データ	2ooc-1 3hp8-2 1tqg-d 3jzy-d 4x86-d 5jnp-2 2kdq-d 2kjw-d 3gdz-4 3fdw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: computationally designed four-helix bundle protein

B: computationally designed four-helix bundle protein

26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: computationally designed four-helix bundle protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: computationally designed four-helix bundle protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.564, 43.958, 47.680
Angle α, β, γ (deg.)	63.89, 80.03, 87.02
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	computationally designed four-helix bundle protein 分子量: 13266.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-41(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.1 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Mix 0.5 microliters of protein (20 mg/ml DRNN in 100 mM Ammonium Acetate) with 0.5 microliters of crystallization solution (0.2 M Magnesium Acetate, 20 % PEG 3350), pH 7, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Mix 0.5 microliters of protein (20 mg/ml DRNN in 100 mM Ammonium Acetate) with 0.5 microliters of crystallization solution (0.2 M Magnesium Acetate, 20 % PEG 3350), pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

結晶

マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.1 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Mix 0.5 microliters of protein (20 mg/ml DRNN in 100 mM Ammonium Acetate) with 0.5 microliters of crystallization solution (0.2 M Magnesium Acetate, 20 % PEG 3350), pH 7, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97941 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月5日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→39.46 Å / Num. all: 16212 / Num. obs: 16212 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 1.85→1.87 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 391 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Computationally-designed four helix bundle protein

解像度: 1.854→39.458 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2145	819	5.07 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
all	0.1779	16156	-	-
obs	0.1779	16156	96.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 68.141 Å² / k_sol: 0.406 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.3787 Å²	0.5973 Å²	-5.6496 Å²
2-	-	-6.8948 Å²	5.2371 Å²
3-	-	-	-6.4839 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.854→39.458 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1700	0	0	140	1840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1758
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	2363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.817	707
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	291

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.8542-1.9704	0.3162	126	0.259	2489	2677	93
1.9704-2.1225	0.2535	160	0.2087	2540	2748	96
2.1225-2.3361	0.2245	139	0.1788	2552	2736	97
2.3361-2.6741	0.211	126	0.1704	2617	2678	97
2.6741-3.3688	0.2259	145	0.1589	2588	2685	98
3.3688-39.4673	0.1817	123	0.1689	2551	2612	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3625	1.9457	-0.5943	5.1277	-5.2512	7.0502	-0.0718	0.0361	0.1418	-0.0456	0.8886	1.5523	-0.172	-0.6474	-0.614	0.0849	0.0184	0.012	0.2228	-0.0171	0.3011	2.1942	-26.7625	-5.8843
2	3.3029	-0.4232	1.1498	3.5516	-4.9723	9.777	-0.0868	0.008	0.1757	0.4903	0.052	-0.0159	-0.2477	0.1043	0.0632	0.0965	-0.0415	-0.0111	0.2178	-0.0494	0.1935	10.0344	-16.9154	-3.5148
3	4.5326	2.5167	-2.1242	1.3945	-1.0191	1.8126	0.2788	-0.2464	-0.3474	0.8359	-0.5479	-1.5351	0.0405	0.6462	0.2699	0.2103	0.0064	-0.0935	0.3673	0.003	0.3841	17.4516	-21.5887	-6.3042
4	3.9619	1.4038	2.0738	7.0161	1.4552	7.7572	-0.0417	0.429	-0.0518	0.0838	0.1218	-0.6522	0.0554	0.811	-0.0375	0.1676	0.0598	0.0098	0.4009	-0.0384	0.2311	13.6773	-20.7489	-13.8288
5	4.6097	-2.9645	2.2591	3.22	-3.1481	6.913	-0.2254	-0.5366	-0.1802	0.4297	0.9571	1.409	-0.4055	-1.0308	-0.5532	0.1801	0.0118	0.0619	0.3518	-0.0129	0.3029	6.3014	-5.0804	14.225
6	3.4575	-3.0012	2.6246	9.2778	-3.9438	5.7624	0.0989	-0.0582	-0.2067	-0.0446	-0.0112	0.1127	0.391	0.0455	-0.074	0.1396	-0.0246	0.0341	0.2653	-0.0307	0.2043	12.8201	-15.4828	9.7854
7	5.2585	-2.7664	0.7715	5.0641	0.5159	2.899	-0.1194	0.3506	0.0831	-0.9646	0.0532	-0.7083	0.0179	0.6964	0.129	0.1476	-0.0232	0.0612	0.3364	-0.0163	0.2943	20.0017	-9.781	7.7668
8	4.2612	-0.6132	0.1062	3.8837	1.0115	7.9633	-0.1898	0.0297	0.1015	-0.4038	0.0362	-0.5661	0.2546	0.6533	0.0598	0.1678	-0.0421	0.0118	0.3158	-0.0007	0.1628	19.8771	-10.1531	16.5675

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:31)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 32:56)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 57:76)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 77:105)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 4:29)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 30:56)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 57:76)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 77:105)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)