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- PDB-3u3b: Crystal Structure of Computationally Redesigned Four-Helix Bundle -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u3b | ||||||
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Title | Crystal Structure of Computationally Redesigned Four-Helix Bundle | ||||||
![]() | computationally designed four-helix bundle protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Four-Helix Bundle / Flexible Backbone Protein Design / hyperthermostable | ||||||
Function / homology | HPT domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Murphy, G.S. / Machius, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Increasing sequence diversity with flexible backbone protein design: the complete redesign of a protein hydrophobic core. Authors: Murphy, G.S. / Mills, J.L. / Miley, M.J. / Machius, M. / Szyperski, T. / Kuhlman, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 101.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 79.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 428.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 430.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 14.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13266.452 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET-41(b) / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 36.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: Mix 0.5 microliters of protein (20 mg/ml DRNN in 100 mM Ammonium Acetate) with 0.5 microliters of crystallization solution (0.2 M Magnesium Acetate, 20 % PEG 3350), pH 7, VAPOR DIFFUSION, ...Details: Mix 0.5 microliters of protein (20 mg/ml DRNN in 100 mM Ammonium Acetate) with 0.5 microliters of crystallization solution (0.2 M Magnesium Acetate, 20 % PEG 3350), pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 5, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97941 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→39.46 Å / Num. all: 16212 / Num. obs: 16212 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 25 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.87 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 391 / % possible all: 94.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Computationally-designed four helix bundle protein Resolution: 1.854→39.458 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 23.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.141 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.854→39.458 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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