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万見
- PDB-2kd2: NMR Structure of FAIM-CTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kd2
タイトルNMR Structure of FAIM-CTD
要素Fas apoptotic inhibitory molecule 1
キーワードAPOPTOSIS / PROTEIN / BETA SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / apoptotic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #180 / Fas apoptotic inhibitory molecule 1 / FAIM1 domain superfamily / Fas apoptotic inhibitory molecule (FAIM1) / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fas apoptotic inhibitory molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Hemond, M. / Wagner, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Fas apoptosis inhibitory molecule contains a novel beta-sandwich in contact with a partially ordered domain.
著者: Hemond, M. / Rothstein, T.L. / Wagner, G.
履歴
登録2009年1月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fas apoptotic inhibitory molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5211
ポリマ－10,5211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Fas apoptotic inhibitory molecule 1


分子量: 10520.711 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 91-179 / 変異: G63D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Faim, Faim1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WUD8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCO
1323D HNCO
1413D HN(CA)CO
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D HNCO
11053D 1H-15N NOESY
11153D 1H-15N TOCSY
11213D C(CO)NH
11313D H(CCO)NH
11432D 1H-13C HSQC
11533D 1H-13C NOESY
11662D 1H-1H NOESY
11713D (H)CCH-TOCSY
11832D CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.25-0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FAIM-CTD, 10 mM sodium chloride, 10 mM TRIS, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.25 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FAIM-CTD, 10 mM sodium chloride, 10 mM TRIS, 5 mM DTT, 0.6% w/v Pf1 filamentous phage, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.8 mM [U-99% 13C] FAIM-CTD, 10 mM sodium chloride, 10 mM TRIS, 5 mM DTT, 100% D2O100% D2O
40.5 mM [U-10% 13C] FAIM-CTD, 10 mM sodium chloride, 10 mM TRIS, 5 mM DTT, 100% D2O100% D2O
50.25-0.9 mM [U-99% 15N] FAIM-CTD, 10 mM sodium chloride, 10 mM TRIS, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
61.0 mM FAIM-CTD, 10 mM sodium chloride, 10 mM TRIS, 5 mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMFAIM-CTD-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.25-0.51
10 mMsodium chloride-21
10 mMTRIS-31
5 mMDTT-41
0.25 mMFAIM-CTD-5[U-99% 13C; U-99% 15N]2
10 mMsodium chloride-62
10 mMTRIS-72
5 mMDTT-82
0.6 %Pf1 filamentous phage-92
1.8 mMFAIM-CTD-10[U-99% 13C]3
10 mMsodium chloride-113
10 mMTRIS-123
5 mMDTT-133
0.5 mMFAIM-CTD-14[U-10% 13C]4
10 mMsodium chloride-154
10 mMTRIS-164
5 mMDTT-174
mMFAIM-CTD-18[U-99% 15N]0.25-0.95
10 mMsodium chloride-195
10 mMTRIS-205
5 mMDTT-215
1.0 mMFAIM-CTD-226
10 mMsodium chloride-236
10 mMTRIS-246
5 mMDTT-256
試料状態イオン強度: 10 / pH: 7.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.4 Rev 2006.095.11.35Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.11Goddardデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1008 / NOE intraresidue total count: 193 / NOE long range total count: 421 / NOE medium range total count: 114 / NOE sequential total count: 206 / Hydrogen bond constraints total count: 32 / Protein chi angle constraints total count: 21 / Protein other angle constraints total count: 16 / Protein phi angle constraints total count: 53 / Protein psi angle constraints total count: 53
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.37 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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