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- PDB-2kcj: solution structure of FAPP1 PH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kcj
タイトルsolution structure of FAPP1 PH domain
要素Pleckstrin homology domain-containing family A member 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / FAPP1 / PH domain / Lipid-binding / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor recycling / endosome organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / early endosome / Golgi membrane / Golgi apparatus ...receptor recycling / endosome organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / early endosome / Golgi membrane / Golgi apparatus / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PH domain containing protein Boi1/Boi2-like / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pleckstrin homology domain-containing family A member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Lenoir, M. / Coskun, U. / James, J. / Simons, K. / Overduin, M.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of wedging the Golgi membrane by FAPP pleckstrin homology domains.
著者: Lenoir, M. / Coskun, U. / Grzybek, M. / Cao, X. / Buschhorn, S.B. / James, J. / Simons, K. / Overduin, M.
履歴
登録2008年12月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年5月28日Group: Database references
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin homology domain-containing family A member 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2201
ポリマ－12,2201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Pleckstrin homology domain-containing family A member 3 / Phosphoinositol 4-phosphate adaptor protein 1 / FAPP-1


分子量: 12219.885 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-100, PH domain / 変異: C94S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHA3, FAPP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HB20

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D CBCA(CO)NH
1713D HN(CO)CA
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 20 mM TRIS, 1 mM sodium azide, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMTRIS1
1 mMsodium azide1
100 mMsodium chloride1
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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