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- PDB-2kkf: Solution structure of MLL CXXC domain in complex with palindromic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kkf
タイトルSolution structure of MLL CXXC domain in complex with palindromic CPG DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
  • Histone-lysine N-methyltransferase HRX
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / CXXC DOMAIN / MLL / CPG DNA / CHROMOSOMAL REARRANGEMENT / DNA-BINDING / METAL-BINDING / NUCLEUS / ZINC-FINGER / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX / Alternative splicing / Apoptosis / Bromodomain / Chromatin regulator / Isopeptide bond / Methyltransferase / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene / S-adenosyl-L-methionine / Transcription / Transcription regulation / Transferase / Ubl conjugation / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein-cysteine methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / response to potassium ion / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / definitive hemopoiesis / histone H3K4 methyltransferase activity ...negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein-cysteine methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / response to potassium ion / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / definitive hemopoiesis / histone H3K4 methyltransferase activity / anterior/posterior pattern specification / T-helper 2 cell differentiation / embryonic hemopoiesis / exploration behavior / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / MLL1 complex / membrane depolarization / negative regulation of fibroblast proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / spleen development / homeostasis of number of cells within a tissue / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / post-embryonic development / : / circadian regulation of gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / visual learning / protein modification process / PKMTs methylate histone lysines / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / protein-containing complex assembly / fibroblast proliferation / methylation / apoptotic process / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. ...KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. / "FY-rich" domain, N-terminal region / FY-rich, C-terminal / F/Y rich C-terminus / FYR domain FYRC motif profile. / "FY-rich" domain, C-terminal region / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Histone-lysine N-methyltransferase 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, DISTANCE GEOMETRY
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Cierpicki, T. / Riesbeck, J.E. / Grembecka, J.E. / Lukasik, S.M. / Popovic, R. / Omonkowska, M. / Shultis, D.S. / Zeleznik-Le, N.J. / Bushweller, J.H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the MLL CXXC domain-DNA complex and its functional role in MLL-AF9 leukemia.
著者: Cierpicki, T. / Risner, L.E. / Grembecka, J. / Lukasik, S.M. / Popovic, R. / Omonkowska, M. / Shultis, D.D. / Zeleznik-Le, N.J. / Bushweller, J.H.
履歴
登録2009年6月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase HRX
B: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1385
ポリマ－14,0073
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase HRX / Zinc finger protein HRX / ALL-1 / Trithorax-like protein / Lysine N-methyltransferase 2A / CXXC- ...Zinc finger protein HRX / ALL-1 / Trithorax-like protein / Lysine N-methyltransferase 2A / CXXC-type zinc finger protein 7


分子量: 6677.991 Da / 分子数: 1 / 断片: CXXC DOMAIN: UNP RESIDUES 1147-1203 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALL1, CXXC7, HRX, HTRX, KMT2A, MLL, TRX1 / プラスミド: pGEX4-T2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03164, histone-lysine N-methyltransferase
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3664.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Palindromic DNA
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
133HNCO NCO
143HNCO COCA
153HACAN
163IPAP
1742D 1H-13C HSQC NO DECOUPLING
1822D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CXXC domain-1, 1 mM DNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CXXC domain-3, 1 mM DNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-4, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CXXC domain-5, 1 mM DNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41 mM [U-98% 15N] CXXC domain-7, 1 mM DNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-8, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCXXC domain-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
1 mMDNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-21
1 mMCXXC domain-3[U-98% 13C; U-98% 15N]2
1 mMDNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-42
1 mMCXXC domain-5[U-98% 13C; U-98% 15N]3
1 mMDNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-63
1 mMCXXC domain-7[U-98% 15N]4
1 mMDNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-84
試料状態イオン強度: 25 / pH: 7 / 圧: Ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: VARIAN INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.11Goddard構造決定
NMRPipe2.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, DISTANCE GEOMETRY / ソフトェア番号: 1
詳細: HIGH TEMP ANNEALING WITHOUT RRDCS, LOW TEMP ANNEALING WITH RDCS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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