PDB-2kc6: NMR solution structure of the pheromone En-1 of Euplotes nobilii ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kc6

タイトル

NMR solution structure of the pheromone En-1 of Euplotes nobilii at -1.5 C

要素

Mating pheromone En-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Pheromone / Secreted

機能・相同性

Pheromone ER-1 - #40 / Pheromone ER-1 / pheromone activity / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Mating pheromone En-1

機能・相同性情報

生物種

Euplotes nobilii (真核生物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics

データ登録者

Pedrini, B. / Alimenti, C. / Vallesi, A. / Luporini, P. / Wuthrich, K.

引用

ジャーナル: Iubmb Life / 年: 2009
タイトル: Molecular cold-adaptation: Comparative analysis of two homologous families of psychrophilic and mesophilic signal proteins of the protozoan ciliate, Euplotes.
著者: Alimenti, C. / Vallesi, A. / Pedrini, B. / Wuthrich, K. / Luporini, P.

履歴

登録	2008年12月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kc6.cif.gz	271.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kc6.ent.gz	236.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kc6_validation.pdf.gz	343 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kc6_full_validation.pdf.gz	428 KB	表示
XML形式データ	2kc6_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	2kc6_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/2kc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/2kc6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nsv
類似構造データ	5ypf-4 6khz-3 2l0z-d 1mhi-d 2bwb-2 1aoo-d 1mhj-d 1mb6-d 5j05-d 1ryg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 7326Chemical shifts of En-1 at 25 C BMRB: 16062

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mating pheromone En-1

5.63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Mating pheromone En-1 分子量: 5630.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euplotes nobilii (真核生物) / 株: AC-1 / 参照: UniProt: P83441

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	2D 1H-13C HSQC
2	5	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 1.0 mM En-1-1, 20 mM sodium phosphate-2, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
1.0 mM	En-1-1	1
20 mM	sodium phosphate-2	1

試料状態

Conditions-ID	pH	温度 (K)
1	6.0	275.0 K
2	6.0	271.7 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CARA	1.4.1	Keller, R. et al.	chemical shift assignment
ATNOS	1.2	Herrmann, T. et al.	peak picking
CANDID		Herrmann, T. et al.	peak assignment
CANDID		Herrmann, T. et al.	distance constraint calculation
CYANA	1	Guntert, P. et al.	torsion angle dynamics simulated annealing
OPALp		Luginbuhl, P. et al.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Structure calculation, Energy minimization

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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