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万見
- PDB-2kb9: Human Jagged-1, exon 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kb9
タイトルHuman Jagged-1, exon 6
要素Jagged-1
キーワードPROTEIN BINDING / notch signaling / EGF / Calcium / Developmental protein / Disease mutation / EGF-like domain / Glycoprotein / Membrane / Notch signaling pathway / Polymorphism / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


endocardial cushion cell development / loop of Henle development / ciliary body morphogenesis / pulmonary artery morphogenesis / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / podocyte development / nephron development / positive regulation of myeloid cell differentiation / Nephron development / morphogenesis of an epithelial sheet ...endocardial cushion cell development / loop of Henle development / ciliary body morphogenesis / pulmonary artery morphogenesis / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / podocyte development / nephron development / positive regulation of myeloid cell differentiation / Nephron development / morphogenesis of an epithelial sheet / cardiac right ventricle morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / negative regulation of endothelial cell differentiation / neuroendocrine cell differentiation / aorta morphogenesis / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / T cell mediated immunity / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / inner ear auditory receptor cell differentiation / neuronal stem cell population maintenance / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / endothelial cell differentiation / pulmonary valve morphogenesis / cell fate determination / negative regulation of stem cell differentiation / regulation of epithelial cell proliferation / myoblast differentiation / aortic valve morphogenesis / Notch binding / RUNX3 regulates NOTCH signaling / negative regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / cardiac septum morphogenesis / response to muramyl dipeptide / hemopoiesis / blood vessel remodeling / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of neuron differentiation / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / RAC1 GTPase cycle / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / negative regulation of cell migration / adherens junction / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / growth factor activity / phospholipid binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / nervous system development / regulation of cell population proliferation / angiogenesis / molecular adaptor activity / apical plasma membrane / calcium ion binding / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein jagged-1-like, predicted ferredoxin-like domain / Jagged/Serrate protein / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / Delta-like/Jagged, EGF-like domain / EGF-like, conserved site ...Protein jagged-1-like, predicted ferredoxin-like domain / Jagged/Serrate protein / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / Delta-like/Jagged, EGF-like domain / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / von Willebrand factor (vWF) type C domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / : / Calcium-binding EGF domain / Laminin / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsHuman Jagged-1, residues 252-295; includes the C-terminal part of EGF1 and the entire EGF2
データ登録者Pintar, A. / Guarnaccia, C. / Pongor, S.
引用
ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Exon 6 of human JAG1 encodes a conserved structural unit
著者: Pintar, A. / Guarnaccia, C. / Dhir, S. / Pongor, S.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2004
タイトル: Exon 6 of human Jagged-1 encodes an autonomously folding unit
著者: Guarnaccia, C. / Pintar, A. / Pongor, S.
履歴
登録2008年11月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Jagged-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0491
ポリマ－5,0491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Jagged-1 / Jagged1 / hJ1


分子量: 5048.784 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 252-295 / 由来タイプ: 合成
詳細: The protein is naturally found in Homo sapiens (human). The protein includes the C-terminal part of the EGF1 domain and the entire EGF2 domain.
参照: UniProt: P78504
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H COSY
1522D 1H-1H TOCSY
1622D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM protein, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.5 mMentity1
0.5 mMentity2
試料状態pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software名称: CYANA / バージョン: 2.1 / 開発者: Guntert P. / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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