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万見
- PDB-2ka4: NMR structure of the CBP-TAZ1/STAT2-TAD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ka4
タイトルNMR structure of the CBP-TAZ1/STAT2-TAD complex
要素
  • Crebbp protein
  • Signal transducer and activator of transcription 2
キーワードTranscription regulator / CBP/p300 / STAT2 / TAZ1 / transactivation domain / Bromodomain / Activator / Alternative splicing / Antiviral defense / Cytoplasm / DNA-binding / Host-virus interaction / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / SH2 domain / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


ISGF3 complex / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex ...ISGF3 complex / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / cAMP response element binding protein binding / Notch-HLH transcription pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / negative regulation of interferon-beta production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / MRF binding / face morphogenesis / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / protein-lysine-acetyltransferase activity / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / regulation of mitochondrial fission / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / ubiquitin-like protein ligase binding / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of protein phosphorylation / TFIIB-class transcription factor binding / histone acetyltransferase complex / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription coregulator activity / defense response / protein destabilization / PML body / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / response to peptide hormone / RNA polymerase II transcription regulator complex / disordered domain specific binding / Interferon alpha/beta signaling / cellular response to UV / rhythmic process / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / defense response to virus / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Signal transducer and activation of transcription 2, C-terminal / STAT2, SH2 domain / Signal transducer and activator of transcription 2 C terminal / CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : ...Signal transducer and activation of transcription 2, C-terminal / STAT2, SH2 domain / Signal transducer and activator of transcription 2 C terminal / CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / p53-like transcription factor, DNA-binding / Nuclear receptor coactivator, interlocking / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Signal transducer and activator of transcription 2 / histone acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Wojciak, J.M. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for recruitment of CBP/p300 coactivators by STAT1 and STAT2 transactivation domains
著者: Wojciak, J.M. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2008年10月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crebbp protein
B: Signal transducer and activator of transcription 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9085
ポリマ－17,7112
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Crebbp protein


分子量: 11281.177 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 340 to 439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種: musculus / 遺伝子: Crebbp / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GQV9, UniProt: P45481*PLUS
#2: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 2 / p113


分子量: 6430.196 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 786 to 838 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種: sapiens / 遺伝子: STAT2 / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52630
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 15N] ALANINE, 93% H2O/7% D2O / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: ALANINE / Isotopic labeling: [U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software名称: Amber
開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm
分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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