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万見
- PDB-2k9g: Solution structure of the third SH3 domain of the Cin85 adapter p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k9g
タイトルSolution structure of the third SH3 domain of the Cin85 adapter protein
要素SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cin85 / SH3 / adaptor protein / downregulation / cbl / Apoptosis / Cell junction / Cytoplasmic vesicle / Cytoskeleton / Endocytosis / Membrane / Phosphoprotein / SH3 domain / SH3-binding / Synapse / Synaptosome
機能・相同性
機能・相同性情報


Reelin signalling pathway / positive regulation of B cell activation / endocytic vesicle / cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / actin filament organization / GABA-ergic synapse / EGFR downregulation ...Reelin signalling pathway / positive regulation of B cell activation / endocytic vesicle / cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / actin filament organization / GABA-ergic synapse / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity / SH3 domain binding / endocytosis / cell-cell junction / cell migration / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell-cell signaling / regulation of cell shape / Clathrin-mediated endocytosis / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / neuron projection / postsynaptic density / focal adhesion / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, first SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, second SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, third SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, first SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, second SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, third SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Philippe, D.L. / Ladbury, J.E. / Pfuhl, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the Sh3-C domain of Cin85
著者: Philippe, D.L.
履歴
登録2008年10月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 domain-containing kinase-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4791
ポリマ－8,4791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 SH3 domain-containing kinase-binding protein 1 / Cbl-interacting protein of 85 kDa / Human Src family kinase-binding protein 1 / HSB-1 / CD2-binding ...Cbl-interacting protein of 85 kDa / Human Src family kinase-binding protein 1 / HSB-1 / CD2-binding protein 3 / CD2BP3


分子量: 8479.498 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain C, UNP residues 262-333 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIN85, SH3KBP1 / プラスミド: pLEICS-01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q96B97

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H TOCSY
1412D 1H-1H NOESY
1543D HN(CA)CB
1643D CBCA(CO)NH
1743D HNCA
1843D HNCO
1943D HCACO
11043D HBHA(CO)NH
11123D (H)CCH-TOCSY
11223D C(CO)NH
11343D HBHANH
11433D 1H-15N NOESY
11523D 1H-13C NOESY
11622D 1H-13C TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 100% D2O100% D2O
31mM [U-99% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCin85 SH3-C1
20 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
1 mMDTT1
1 mMEDTA1
0.02 %sodium azide1
1 mMCin85 SH3-C[U-98% 13C; U-98% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
1 mMDTT2
1 mMEDTA2
0.02 %sodium azide2
1 mMCin85 SH3-C[U-99% 15N]3
20 mMsodium phosphate3
100 mMsodium chloride3
1 mMDTT3
1 mMEDTA3
0.02 %sodium azide3
1 mMCin85 SH3-C[U-99% 13C; U-99% 15N]4
20 mMsodium phosphate4
100 mMsodium chloride4
1 mMDTT4
1 mMEDTA4
0.02 %sodium azide4
試料状態イオン強度: 140 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003
Bruker AvanceBrukerAVANCE8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3 to 2.1Bruker Biospincollection
TopSpin1.3 to 2.1Bruker Biospin解析
Analysis1.0.15CCPNpeak picking
Analysis1.0.15CCPNchemical shift assignment
Analysis1.0.15CCPNデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio, Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
PSVSBhattacharya, Montelioneデータ解析
WHAT IFVriendデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler, Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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