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万見
- PDB-2k95: Solution structure of the wild-type P2B-P3 pseudoknot of human te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k95
タイトルSolution structure of the wild-type P2B-P3 pseudoknot of human telomerase RNA
要素Telomerase RNA P2b-P3 pseudoknot
キーワードRNA / telomerase / pseudoknot / triple helix / bulge / RDC
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsA unimolecular pseudoknot construct composed of nucleotides 95-116 and 166-183 (mature hTR RNA ...A unimolecular pseudoknot construct composed of nucleotides 95-116 and 166-183 (mature hTR RNA numbering system)
データ登録者Kim, N.-K. / Zhang, Q. / Zhou, J. / Theimer, C.A. / Peterson, R.D. / Feigon, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Solution Structure and Dynamics of the Wild-type Pseudoknot of Human Telomerase RNA.
著者: Kim, N.K. / Zhang, Q. / Zhou, J. / Theimer, C.A. / Peterson, R.D. / Feigon, J.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase RNA P2b-P3 pseudoknot


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2891
ポリマ－15,2891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 Telomerase RNA P2b-P3 pseudoknot


分子量: 15289.085 Da / 分子数: 1 / 断片: Wild-type P2b-P3 pseudoknot / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: A unimolecular pseudoknot construct composed of nucleotides 95-116 and 166-183 (mature hTR RNA numbering system)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 11ECHO NOESY
1212D WATERGATE NOESY
2342D 1H-13C S3CT HSQC
2462D 1H-13C HSQC
2582D 1H-13C HSQC
1632D 15N CPMG NOESY
2722D TOCSY
1832D 15N HMQC
2962D NOESY
21082D NOESY
11132D JNN-HNN COSY
21242D (H)CCH COSY
21343D (H)CCH-TOCSY
21442D 13C filtered/edited NOESYs
21543D 13C HSQC NOESY
11632D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM PKWT, 10 mM sodium phosphate, 200 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 95 % H2O, 5 % D2O95% H2O/5% D2O
21 mM PKWT, 10 mM sodium phosphate, 200 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 100 % D2O100% D2O
31 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] PKWT, 10 mM sodium phosphate, 200 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 95 % H2O, 5 % D2O95% H2O/5% D2O
41 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] PKWT, 10 mM sodium phosphate, 200 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 100 % D2O100% D2O
51 mM [U-13C; U-15N]-Ade, [U-13C; U-15N]-Ura PKWT, 10 mM sodium phosphate, 200 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 95 % H2O, 5 % D2O, 0.2 % sodium azide95% H2O/5% D2O
61 mM [U-13C; U-15N]-Ade, [U-13C; U-15N]-Ura PKWT, 10 mM sodium phosphate, 200 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 100 % D2O, 0.2 % sodium azide100% D2O
71 mM [U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Cyt PKWT, 10 mM sodium phosphate, 200 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 95 % H2O, 5 % D2O, 0.2 % sodium azide95% H2O/5% D2O
81 mM [U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Cyt PKWT, 10 mM sodium phosphate, 200 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 100 % D2O, 0.2 % sodium azide100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPKWT1
10 mMsodium phosphate1
200 mMpotassium chloride1
50 uMEDTA1
95 %H2O1
5 %D2O1
1 mMPKWT2
10 mMsodium phosphate2
200 mMpotassium chloride2
50 uMEDTA2
100 %D2O2
1 mMPKWT[U-98% 13C; U-98% 15N]3
10 mMsodium phosphate3
200 mMpotassium chloride3
50 uMEDTA3
95 %H2O3
5 %D2O3
1 mMPKWT[U-98% 13C; U-98% 15N]4
10 mMsodium phosphate4
200 mMpotassium chloride4
50 uMEDTA4
100 %D2O4
1 mMPKWT[U-13C; U-15N]-Ade, [U-13C; U-15N]-Ura5
10 mMsodium phosphate5
200 mMpotassium chloride5
50 uMEDTA5
95 %H2O5
5 %D2O5
0.2 %sodium azide5
1 mMPKWT[U-13C; U-15N]-Ade, [U-13C; U-15N]-Ura6
10 mMsodium phosphate6
200 mMpotassium chloride6
50 uMEDTA6
100 %D2O6
0.2 %sodium azide6
1 mMPKWT[U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Cyt7
10 mMsodium phosphate7
200 mMpotassium chloride7
50 uMEDTA7
95 %H2O7
5 %D2O7
0.2 %sodium azide7
1 mMPKWT[U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Cyt8
10 mMsodium phosphate8
200 mMpotassium chloride8
50 uMEDTA8
100 %D2O8
0.2 %sodium azide8
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.3 ambient 283 K
26.3 ambient 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.9.8Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.9.8Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
MOLMOL2K.2Koradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
XwinNMR3.5Bruker Biospinchemical shift assignment
XwinNMR3.5Bruker Biospin解析
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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