PDB-3cpf: Crystal structure of human eukaryotic translation initiation fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cpf

タイトル

Crystal structure of human eukaryotic translation initiation factor EIF5A

要素

Eukaryotic translation initiation factor 5A-1

キーワード

CELL CYCLE / Structural Genomics Consortium / leukemia / apoptosis / SGC / Hypusine / Initiation factor / Nucleus / Protein biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / positive regulation of translational termination / annulate lamellae / positive regulation of translational elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / translational elongation / translation elongation factor activity / U6 snRNA binding / nuclear pore / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Hong, B. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of human eIF5A1: insight into functional similarity of human eIF5A1 and eIF5A2.
著者: Tong, Y. / Park, I. / Hong, B.S. / Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Park, H.W.

履歴

登録	2008年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cpf.cif.gz	62.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cpf.ent.gz	45.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cpf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cpf_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cpf_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	3cpf_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	3cpf_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/3cpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/3cpf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x6oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wxh-d 5chf-1 2m9a-d 2rb3-2 2x6g-3 5chw-9 2kre-d 5chf-3 5chw-8 5tla-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1

B: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1

30.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1

ソフトウェアが定義した集合体
15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1

ソフトウェアが定義した集合体
15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.119, 76.119, 107.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 / eIF-5A-1 / eIF-5A1 / Eukaryotic initiation factor 5A isoform 1 / eIF-5A / eIF-4D / Rev-binding factor 分子量: 15170.424 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 15-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF5A / Plasmid details: GI:134105571 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P63241
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 22% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate. Cryoprotected with 20% PEG 3350 and 20% Ethylene glycol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 11503 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 1.559 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	12.8	0.964	1123	1.343	1	100
2.59-2.69	12.8	0.781	1115	1.501	1	100
2.69-2.81	12.9	0.524	1117	1.416	1	100
2.81-2.96	12.8	0.358	1128	1.547	1	100
2.96-3.15	12.9	0.238	1136	1.554	1	100
3.15-3.39	12.8	0.133	1144	1.607	1	100
3.39-3.73	12.8	0.081	1138	1.818	1	100
3.73-4.26	12.7	0.048	1156	1.655	1	100
4.26-5.35	12.6	0.034	1178	1.476	1	100
5.35-20	11.7	0.034	1268	1.662	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1X6O

1x6o

解像度: 2.5→19.996 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / WR_factor R_free: 0.277 / WR_factor R_work: 0.22 / SU B: 25.845 / SU ML: 0.26 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.471 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Atomic B-factors are residuals from TLS refinement. TLSMD, CNS, COOT, Molprobity programs have also been used in refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3	521	4.557 %	Thin shells
R_work	0.244	-	-	-
obs	0.246	11434	99.712 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.775 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.996 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1889	0	6	9	1904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.338	1.985	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.349	3.003	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.078	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.229	25.467	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.118	15	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.698	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.954	2	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.186	2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.586	3	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.018	2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.564	3	570

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.564		0	0.328	816	823	99.149
2.564-2.633	0.395	72	0.325	721	796	99.623
2.633-2.708		0	0.317	762	764	99.738
2.708-2.79	0.483	63	0.323	700	764	99.869
2.79-2.88		0	0.299	721	723	99.723
2.88-2.978	0.472	43	0.302	661	704	100
2.978-3.088		0	0.302	699	700	99.857
3.088-3.211	0.332	63	0.299	595	662	99.396
3.211-3.35	0.332	52	0.281	592	644	100
3.35-3.509		0	0.251	598	601	99.501
3.509-3.692	0.294	42	0.269	552	596	99.664
3.692-3.908	0.243	38	0.238	518	557	99.82
3.908-4.166		0	0.201	527	532	99.06
4.166-4.484	0.24	28	0.175	488	516	100
4.484-4.887	0.199	26	0.174	427	454	99.78
4.887-5.424	0.269	31	0.214	398	430	99.767
5.424-6.188	0.365	20	0.239	356	376	100
6.188-7.403	0.31	26	0.244	314	340	100
7.403-9.818	0.329	9	0.218	274	283	100
9.818-19.996	0.199	8	0.225	194	202	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0017	-0.1728	0.4984	3.5547	-1.0358	6.7586	-0.2514	0.2583	0.381	-0.5745	0.1765	0.1013	-0.066	-0.4671	0.0749	0.1156	0.0242	-0.1728	0.0106	0.0127	0.0868	-64.567	63.393	10.021
2	0.1733	-0.2053	-0.7867	3.1929	-2.0233	8.7873	-0.0296	0.0885	0.142	-0.6682	-0.0775	0.5351	0.5948	-0.6505	0.1071	0.0731	0.0179	-0.0888	-0.0554	-0.0296	0.0334	-66.575	57.309	13.123
3	1.8856	2.1251	1.8967	2.7699	0.833	6.4479	0.202	-0.7822	0.3234	-0.1725	0.0936	0.8017	0.0659	-1.729	-0.2956	0.2233	0.097	-0.3214	0.3581	-0.0075	0.3307	-72.857	63.689	7.587
4	25.1867	-5.5093	12.4347	1.9081	-2.2704	6.4265	-0.287	0.6393	1.0262	-0.2328	-0.0563	-0.007	-0.4663	0.4939	0.3433	0.0679	-0.0073	-0.0401	0.0197	0.0734	-0.0023	-51.288	69.705	19.603
5	5.2084	4.3796	-0.5603	10.9203	-0.6603	1.0568	-0.2622	-0.0036	0.1324	0.3264	0.2066	-0.3429	-0.2834	0.2367	0.0557	-0.0574	0.0452	-0.0436	-0.0005	-0.067	-0.1154	-41.492	67.232	31.979
6	7.1969	-0.1464	1.1293	3.2604	0.164	3.655	-0.2953	0.4011	-0.258	-0.1494	0.2131	-0.1629	-0.1147	0.0769	0.0822	-0.0387	-0.0231	0.0003	0.0032	-0.0493	-0.1016	-44.791	60.842	26.397
7	15.4568	1.2639	2.177	7.4126	2.0753	0.7991	-0.2166	0.1187	-0.3665	1.2248	0.5437	-1.0329	-0.3763	-0.5065	-0.3271	0.0992	0.0352	0.0046	0.0812	-0.0343	0.0251	6.003	32.816	17.929
8	10.3488	-3.051	0.0987	8.5002	-2.872	6.4056	-0.0749	-0.4173	-1.3919	0.7054	-0.1193	0.5567	0.8781	-0.9028	0.1943	0.1868	-0.1705	0.1023	0.182	-0.0668	0.1308	-6.044	28.719	21.57
9	8.8688	1.9525	-2.3382	12.4961	-8.1555	5.4549	0.2219	0.5002	-2.5381	0.6725	-0.382	-0.8258	0.8267	0.0505	0.1601	0.4563	-0.0204	-0.0524	0.0985	-0.0503	0.5563	3.265	22.704	19.862
10	9.667	-7.4876	-0.074	10.3016	0.4443	0.0338	0.352	1.2786	0.95	0.0355	-0.7704	-0.647	-0.2085	-0.1498	0.4184	0.0939	0.1073	0.1279	0.5005	-0.0493	0.0233	-13.098	48.623	15.173
11	4.3907	1.3867	-4.5383	5.7876	-1.6565	10.0612	0.2779	1.0061	-0.0422	-0.4138	-0.0817	-0.7132	0.1055	0.0406	-0.1962	0.0367	0.1098	0.0542	0.3058	-0.0587	0.1847	-17.678	49.49	13.896
12	10.6465	-5.5428	-2.3693	5.0404	-0.1661	1.4365	0.1342	0.6368	0.1459	-0.0447	-0.3135	0.1946	-0.0481	-0.076	0.1793	-0.013	0.045	-0.0092	0.3112	-0.1005	0.0928	-16.971	48.311	18.815

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 48	2 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	53 - 69	40 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	70 - 80	57 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	81 - 90	68 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	91 - 107	78 - 94
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	108 - 150	95 - 137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	15 - 22	2 - 9
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	23 - 69	10 - 56
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	70 - 81	57 - 68
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	82 - 100	69 - 87
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	101 - 124	88 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	125 - 151	112 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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