手法: 溶液NMR 詳細: NMR SOLUTION STRUCTURE OF A 266 AMINO ACID POLYPEPTIDE. RESIDUE NUMBERING STARTS AT 213. COORDINATES OF RESIDUES 213-223, 405-414, 447-463 ARE NOT DEFINED
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
2
2D 1H-15N HSQC
1
2
1
2D 1H-13C HSQC
1
3
2
3D HN(CA)CB
1
4
2
3DHN(COCA)CB
1
5
2
3D HNCO
1
6
2
3DHN(CA)CO
1
7
2
3DHN(CO)CG
1
8
2
3D HNCG
1
9
1
3D (H)CCH-COSY
1
10
2
3D 1H-15N NOESY
1
11
1
3D 1H-13C NOESY
1
12
2
HN(CACO)NH
1
13
1
3D (H)CCH-TOCSY
1
14
1
3D 1H-15N NOESY
-
試料調製
詳細
Solution-ID
内容
溶媒系
1
0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] procaspase8, 10 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 20 mM [U-2H] TRIS, 90% H2O/10% D2O
90% H2O/10% D2O
2
0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] procaspase8, 10 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 20 mM [U-2H] TRIS, 90% H2O/10% D2O
90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
0.8mM
procaspase8
[U-99% 13C; U-99% 15N]
1
10mM
DTT
1
100mM
sodiumchloride
1
20mM
TRIS
[U-2H]
1
0.8mM
procaspase8
[U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H]
2
10mM
DTT
2
100mM
sodiumchloride
2
20mM
TRIS
[U-2H]
2
試料状態
イオン強度: 0.1 / pH: 8.0 / 圧: ambient / 温度: 305 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
700
1
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
600
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
Amber
6
Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, LuoandKollm
geometryoptimization
CYANA
2.2
Guntert, MumenthalerandWuthrich
構造決定
XEASY
1.55
Bartelsetal.
chemicalshiftassignment
CARA
Keller, Wthrich
chemicalshiftassignment
CYANA
2.2
Guntert, MumenthalerandWuthrich
精密化
精密化
手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: restraint MD in explicit water using AMBER 6.0
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20