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- PDB-4e1t: X-ray crystal structure of the transmembrane beta-domain from inv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e1t
タイトルX-ray crystal structure of the transmembrane beta-domain from invasin from Yersinia pseudotuberculosis
要素Invasin
キーワードCELL ADHESION / outer membrane beta barrel / adhesin / integrin
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion / cell surface
類似検索 - 分子機能
: / Invasin, domain 4 / Inverse autotransporter, beta-domain / Invasin, domain 3 / Invasin, domain 3 / Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily ...: / Invasin, domain 4 / Inverse autotransporter, beta-domain / Invasin, domain 3 / Invasin, domain 3 / Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Porin / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Immunoglobulin-like fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Invasin
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.263 Å
データ登録者Fairman, J.W. / Dautin, N. / Wojtowicz, D. / Wei, L. / Noinaj, N. / Barnard, T.J. / Udho, E. / Finkelstein, A. / Przytycka, T.M. / Cherezov, V. / Buchanan, S.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of the Outer Membrane Domain of Intimin and Invasin from Enterohemorrhagic E. coli and Enteropathogenic Y. pseudotuberculosis.
著者: Fairman, J.W. / Dautin, N. / Wojtowicz, D. / Liu, W. / Noinaj, N. / Barnard, T.J. / Udho, E. / Przytycka, T.M. / Cherezov, V. / Buchanan, S.K.
履歴
登録2012年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Invasin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,49614
ポリマ－27,8611
非ポリマー4,63513
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.404, 124.885, 65.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Invasin


分子量: 27860.967 Da / 分子数: 1 / 断片: transmembrane domain (UNP residues 147-390) / 変異: L352F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: invasin, YPTB1668 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11922
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 294 K / 手法: lipidic cubic phase monoolein / pH: 4
詳細: 0.05 M sodium citrate, pH 3.8-4.4, 0.2 M lithium sulfate, 23-35% PEG400, LIPIDIC CUBIC PHASE MONOOLEIN, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.034375 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月24日 / 詳細: K-B pair of biomorph mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.034375 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.263→67.007 Å / Num. all: 15222 / Num. obs: 14111 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.263-2.382.90.59911331.058176.2
2.38-2.483.40.59312511.044183
2.48-2.594.10.56213511.033190.1
2.59-2.7350.46314231.014194.9
2.73-2.95.40.34914821.005198.7
2.9-3.125.90.28315211.003199.9
3.12-3.4460.18415141.0121100
3.44-3.9360.13415221.0211100
3.93-4.955.40.09213000.986183.8
4.95-505.70.09516140.966199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E1S

4e1s


解像度: 2.263→29.787 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.193 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.35 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2596 709 5.1 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.1915 15222 --
obs0.1915 14016 90.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.44 Å2 / Biso mean: 50.288 Å2 / Biso min: 16.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å20 Å20 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----2.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.263→29.787 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1960 0 283 117 2360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9542.0323003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9265243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.56523.945109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.78715314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5531515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7821.51209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44421922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.56631070
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9134.51081
LS精密化 シェル解像度: 2.263→2.322 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 30 -
Rwork0.27 626 -
all-656 -
obs--57.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.39043.39223.48249.38146.45757.36550.1125-0.1072-0.1053-0.54730.05280.0423-0.2469-0.3476-0.16520.07450.0203-0.00640.20560.07930.0685-22.586530.15437.0525
28.44277.94122.206311.89862.76232.4995-0.0411-0.0830.1186-0.1995-0.00390.0982-0.085-0.13050.04510.02860.0279-0.00550.126-0.04020.0006-12.24533.068813.433
31.2928-0.82040.33973.1343-0.86922.42550.03510.0728-0.0607-0.27580.0049-0.00850.32470.0131-0.04010.0639-0.0198-0.01510.0738-0.02110.0363-8.227224.93944.8581
40.14195.8049-1.60239.6983-4.536619.62120.3165-0.6737-0.3176-0.43-0.60960.21990.62960.43560.29310.4-0.0726-0.19090.11080.01050.0984-9.44519.1942-2.2111
51.6439-0.50070.05771.4118-0.19311.22680.05570.0236-0.0984-0.1277-0.07730.46170.0444-0.19490.02160.1436-0.005-0.05960.1669-0.00330.1349-18.957131.34231.9355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A146 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2A164 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3A193 - 295
4X-RAY DIFFRACTION4A298 - 311
5X-RAY DIFFRACTION5A312 - 390

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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