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Yorodumi- PDB-3imi: 2.01 Angstrom resolution crystal structure of a HIT family protei... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3imi | ||||||
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Title | 2.01 Angstrom resolution crystal structure of a HIT family protein from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' | ||||||
Components | HIT family protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HIT Family Protein / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.01 Å | ||||||
Authors | Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Gordon, E. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: 2.01 Angstrom resolution crystal structure of a HIT family protein from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' Authors: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Gordon, E. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3imi.cif.gz | 130.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3imi.ent.gz | 109.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3imi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3imi_validation.pdf.gz | 462.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3imi_full_validation.pdf.gz | 471.3 KB | Display | |
Data in XML | 3imi_validation.xml.gz | 26.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3imi_validation.cif.gz | 36.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16471.389 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (bacteria) Strain: Ames Ancestor / Gene: BAS0978, BA_1047, GBAA1047, GBAA_1047, YP_017672 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3) / References: UniProt: Q81U41, UniProt: A0A6L7HN72*PLUS #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 30% PEG 8000, 0.2M NH4 Sulfate, 0.1M Na Cacodylate pH 6.5. Paratone-N was used for cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97857 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2009 / Details: Beryllium Lenses/Diamond Laue Mono |
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→30 Å / Num. all: 77248 / Num. obs: 77248 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.92 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique all: 3868 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.01→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 6.969 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.147 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: 1. The Friedel pairs were used in phasing. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.402 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.01→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.01→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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