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万見
- PDB-2k3s: HADDOCK-derived structure of the CH-domain of the smoothelin-like... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k3s
タイトルHADDOCK-derived structure of the CH-domain of the smoothelin-like 1 complexed with the C-domain of apocalmodulin
要素
  • Calmodulin
  • Smoothelin-like protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / apocalmodulin complex / calponin homology domain / smoothelin-like 1 / HADDOCK model / CH-domain / Coiled coil / Acetylation / Calcium / Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin phosphatase regulator activity / CH domain binding / muscle organ morphogenesis / contractile muscle fiber / protein phosphatase 1 binding / vasoconstriction / M band / I band / protein phosphatase inhibitor activity / microtubule organizing center ...myosin phosphatase regulator activity / CH domain binding / muscle organ morphogenesis / contractile muscle fiber / protein phosphatase 1 binding / vasoconstriction / M band / I band / protein phosphatase inhibitor activity / microtubule organizing center / tropomyosin binding / filamentous actin / enzyme regulator activity / positive regulation of vasoconstriction / response to activity / : / disordered domain specific binding / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / calcium ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Calmodulin-2 B / Smoothelin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / HADDOCK docking calculation
データ登録者Ishida, H. / Borman, M.A. / Ostrander, J. / Vogel, H.J. / MacDonald, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Solution structure of the calponin homology (CH) domain from the smoothelin-like 1 protein: a unique apocalmodulin-binding mode and the possible role of the C-terminal type-2 CH-domain ...タイトル: Solution structure of the calponin homology (CH) domain from the smoothelin-like 1 protein: a unique apocalmodulin-binding mode and the possible role of the C-terminal type-2 CH-domain in smooth muscle relaxation.
著者: Ishida, H. / Borman, M.A. / Ostrander, J. / Vogel, H.J. / MacDonald, J.A.
履歴
登録2008年5月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Smoothelin-like protein 1
B: Calmodulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4312
ポリマ－21,4312
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Smoothelin-like protein 1


分子量: 13693.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smtnl1 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99LM3
#2: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 7737.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: calm1 / プラスミド: Ptnco12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62155, UniProt: P0DP33*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 15N] entity_1, 0.6 mM calmodulin (full length), 20 mM Bis-Tris, 0.5 mM DSS, 10 mM [U-2H] DTT, 0.03 % sodium azide, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM entity_1, 0.5 mM [U-100% 15N] calmodulin (full length), 20 mM Bis-Tris, 0.5 mM DSS, 10 mM [U-2H] DTT, 0.03 % sodium azide, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMentity_1[U-100% 15N]1
0.6 mMcalmodulin (full length)1
20 mMBis-Tris1
0.5 mMDSS1
10 mMDTT[U-2H]1
0.03 %sodium azide1
1 mMEDTA1
0.6 mMentity_12
0.5 mMcalmodulin (full length)[U-100% 15N]2
20 mMBis-Tris2
0.5 mMDSS2
10 mMDTT[U-2H]2
0.03 %sodium azide2
1 mMEDTA2
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
HADDOCK2Dominguez, C. et al.構造決定
HADDOCK2Dominguez, C. et al.精密化
精密化手法: HADDOCK docking calculation / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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