[日本語] English
万見
- PDB-2k3j: The solution structure of human Mia40 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k3j
タイトルThe solution structure of human Mia40
要素Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-hairpin fold / COILED COIL-HELIX-COILED COIL-HELIX DOMAIN / Mitochondrial oxidase / Protein import and folding / Alternative splicing / Mitochondrion / Protein transport / Translocation / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' post-translational protein folding / peptidyl-cysteine oxidation / positive regulation of cellular respiration / mitochondrial respiratory chain complex assembly / Mitochondrial protein import / regulation of protein export from nucleus / protein import into mitochondrial intermembrane space / protein maturation by protein folding / mitochondrial DNA repair / protein-disulfide reductase activity ...'de novo' post-translational protein folding / peptidyl-cysteine oxidation / positive regulation of cellular respiration / mitochondrial respiratory chain complex assembly / Mitochondrial protein import / regulation of protein export from nucleus / protein import into mitochondrial intermembrane space / protein maturation by protein folding / mitochondrial DNA repair / protein-disulfide reductase activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2900 / Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40 / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsThe pdb submitted file contains the coordinates of the folded region of the protein. Residues 1-44 ...The pdb submitted file contains the coordinates of the folded region of the protein. Residues 1-44 and 110-146 are therefore missing as not well-structured.
データ登録者Ciofi Baffoni, S. / Bertini, I. / Gallo, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: MIA40 is an oxidoreductase that catalyzes oxidative protein folding in mitochondria.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Cefaro, C. / Ciofi-Baffoni, S. / Gallo, A. / Martinelli, M. / Sideris, D.P. / Katrakili, N. / Tokatlidis, K.
履歴
登録2008年5月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4041
ポリマ－16,4041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 4


分子量: 16403.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHCHD4, MIA40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami-pLysS / 参照: UniProt: Q8N4Q1

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The pdb submitted file contains the coordinates of the folded region of the protein. Residues 1-44 and 110-146 are therefore missing as not well-structured.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H NOESY
1323D CBCA(CO)NH
1423D HNCO
1523D HNCA
1623D HN(CA)CB
1723D HBHA(CO)NH
1823D HN(CO)CA
1913D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY
11123D (H)CCH-TOCSY
11212D 1H-1H TOCSY
11323D HN(CA)CO

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM [U-100% 15N] Human Mia40, 2 mM DTT, 50 mM potassium phosphate, 0.5 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Human Mia40, 2 mM DTT, 50 mM potassium phosphate, 0.5 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMHuman Mia40[U-100% 15N]1
2 mMDTT1
50 mMpotassium phosphate1
0.5 mMEDTA1
0.5 mMHuman Mia40[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2 mMDTT2
50 mMpotassium phosphate2
0.5 mMEDTA2
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmgeometry optimization
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
PECANEghbalniaprediction of secondary structure
WHAT IFVriendstructure validation
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurstructure validation
ATNOSCANDID1.2Herrmann, Guntert and Wuthrichnoes assignment
ATNOSCANDID1.2Herrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1321 / NOE intraresidue total count: 230 / NOE long range total count: 256 / NOE medium range total count: 398 / NOE sequential total count: 437 / Protein chi angle constraints total count: 221 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 30 / Protein psi angle constraints total count: 30
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 9.233 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.258 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る