PDB-4iye: Crystal structure of AdTx1 (rho-Da1a) from eastern green mamba (D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iye

タイトル

Crystal structure of AdTx1 (rho-Da1a) from eastern green mamba (Dendroaspis angusticeps)

要素

Toxin AdTx1

キーワード

TOXIN / Snake three-finger toxin family / Type A muscarinic toxin subfamily / Allosteric antagonist of the alpha-1A adrenergic receptor (ADRA1A) / Acts as a relaxant of smooth muscle / alpha-1A adrenergic receptor / g-rhoDa1a K34A / Expressed by the venom gland

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Dendroaspis angusticeps (コブラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.951 Å

データ登録者

Stura, E.A. / Vera, L. / Maiga, A.A. / Marchetti, C. / Lorphelin, A. / Bellanger, L. / Servant, D. / Gilles, N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallization of recombinant green mamba rho-Da1a toxin during a lyophilization procedure and its structure determination.
著者: Maiga, A. / Vera, L. / Marchetti, C. / Lorphelin, A. / Bellanger, L. / Mourier, G. / Servent, D. / Gilles, N. / Stura, E.A.

履歴

登録	2013年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iye.cif.gz	41.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iye.ent.gz	28.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iye.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iye_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iye_full_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示
XML形式データ	4iye_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	4iye_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/4iye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/4iye	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ff4S 2h5f 2h7z 2vlw 3fev 3neq 4do8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mg9-d 1g6m-d 4do8-2 4do8-1 2mz6-d 1imt-d 1nea-d 2vlw-1 1w6b-d 1hji-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Toxin AdTx1

ヘテロ分子

7.57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.370, 37.370, 66.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Toxin AdTx1 / Rho-EPTX-Da1a 分子量: 7300.272 Da / 分子数: 1 / 断片: Rho-Da1a / 変異: K34A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / 株: angusticeps / 器官: Venom gland Plasmid details: The synthetic gene corresponds to the ENLYFQG-rho-Da1a protein flanked by the attB1 and attB2 sequences プラスミド: pENTRE plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P85092
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.56 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: lyophilization / pH: 8 詳細: Crystallization during lyophilization due to increased concentration and low temperature. Cryoconditions: 27% PEG8K, 15% MPEG550, 10% glycerol, 0.09 M Tris-HCl, pH 8.0, Lyophilization, temperature 273K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月21日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9334 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→32.36 Å / Num. all: 4193 / Num. obs: 3937 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 8.44 % / B_iso Wilson estimate: 25.325 Å² / R_merge(I) obs: 0.171 / R_sym value: 0.16 / Net I/σ(I): 11.43

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.95-2.07	2.89	1.088	1.12	660	0.947	69.1
2.07-2.21	4	0.69	1.96	620	0.603	92.1
2.21-2.39	6.16	0.58	3.15	571	0.525	99.5
2.39-2.61	10.64	0.438	6.07	533	0.425	100
2.61-2.92	11.79	0.316	9.17	499	0.303	100
2.92-3.37	11.61	0.175	15.54	439	0.166	100
3.37-4.11	11.39	0.089	26.84	378	0.083	100
4.11-5.77	11.04	0.066	32.97	297	0.06	100
5.77-32.36	9.67	0.06	35.85	196	0.055	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FF4 without loop 1 tip

1ff4

解像度: 1.951→32.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 12.031 / SU ML: 0.156 / Isotropic thermal model: Anisotropic TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25188	197	5 %	RANDOM
R_work	0.17033	-	-	-
all	0.17545	3937	-	-
obs	0.17445	3738	93.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.704 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.63 Å²	1.63 Å²	-0 Å²
2-	-	1.63 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.951→32.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	505	0	18	70	593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	540
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.648	1.977	729
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.233	3.014	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.225	5	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.032	24.348	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.462	15	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.449	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	112
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.042	3	522
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.756	5	507

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.951-2.002	0.51	9	0.29	172	172	60.33
2.002-2.055	0.15	11	0.26		207	73.15
2.055-2.115	0.41	12	0.23		232	88.09
2.115-2.178	0.29	13	0.23		240	92.67
2.178-2.25	0.18	13	0.2		259	98.91
2.25-2.326	0.31	14	0.2		255	99.63
2.326-2.414	0.46	11	0.19		225	100
2.414-2.509	0.36	13	0.17		241	100
2.509-2.638	0.19	12	0.17		222	100
2.638-2.746	0.22	11	0.17		206	100
2.746-2.911	0.24	11	0.16		213	100
2.911-3.065	0.14	10	0.13		191	100
3.065-3.291	0.21	10	0.13		191	100
3.291-3.529	0.27	9	0.11		165	100
3.529-3.873	0.15	8	0.11		162	100
3.873-4.291	0.2	8	0.11		148	100
4.291-4.934	0.25	7	0.12		133	100
4.934-5.913	0.24	6	0.14		115	100
5.913-7.888	0.18	5	0.17		99	100
7.888-32.36	0.08	4	0.17		62	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.1157 Å / Origin y: 12.5129 Å / Origin z: 13.2222 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0013 Å²	0.0012 Å²	0.002 Å²	-	0.0015 Å²	0.0033 Å²	-	-	0.0507 Å²
L	0.0376 °²	0.0618 °²	-0.0143 °²	-	0.136 °²	0.041 °²	-	-	0.1505 °²
S	-0.006 Å °	-0.0025 Å °	-0.0061 Å °	-0.0045 Å °	0.0022 Å °	0.008 Å °	0.0108 Å °	0.0142 Å °	0.0038 Å °

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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