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- PDB-2k1r: The solution NMR structure of the complex between MNK1 and HAH1 m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k1r
タイトルThe solution NMR structure of the complex between MNK1 and HAH1 mediated by Cu(I)
要素
  • Copper transport protein ATOX1
  • Copper-transporting ATPase 1
キーワードHYDROLASE/CHAPERONE / MNK1 / HAH1 / protein-protein interaction / ATP7A / SPINE 2 / Structural Proteomics in Europe / Alternative splicing / ATP-binding / Copper / Copper transport / Cytoplasm / Disease mutation / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Golgi apparatus / Hydrolase / Ion transport / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane / Transport / Chaperone / HYDROLASE-CHAPERONE COMPLEX / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of catecholamine metabolic process / metallochaperone activity / epinephrine metabolic process / L-tryptophan metabolic process / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / elastic fiber assembly / tyrosine metabolic process / norepinephrine biosynthetic process ...negative regulation of catecholamine metabolic process / metallochaperone activity / epinephrine metabolic process / L-tryptophan metabolic process / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / elastic fiber assembly / tyrosine metabolic process / norepinephrine biosynthetic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / P-type divalent copper transporter activity / copper ion import / glycoprotein biosynthetic process / copper ion transmembrane transporter activity / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / copper ion export / positive regulation of melanin biosynthetic process / superoxide dismutase copper chaperone activity / regulation of oxidative phosphorylation / catecholamine metabolic process / copper ion transport / trans-Golgi network transport vesicle / melanosome membrane / detoxification of copper ion / serotonin metabolic process / pyramidal neuron development / norepinephrine metabolic process / T-helper cell differentiation / cartilage development / collagen fibril organization / hair follicle morphogenesis / skin development / lung alveolus development / dendrite morphogenesis / pigmentation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / blood vessel development / dopamine metabolic process / central nervous system neuron development / cuprous ion binding / Ion transport by P-type ATPases / neuron projection morphogenesis / blood vessel remodeling / intracellular copper ion homeostasis / ATP metabolic process / extracellular matrix organization / removal of superoxide radicals / release of cytochrome c from mitochondria / trans-Golgi network membrane / mitochondrion organization / locomotory behavior / establishment of localization in cell / trans-Golgi network / neuron cellular homeostasis / phagocytic vesicle membrane / late endosome / regulation of gene expression / ATPase binding / response to oxidative stress / neuron apoptotic process / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / neuron projection / postsynaptic density / copper ion binding / axon / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 ...: / Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper transport protein ATOX1 / Copper-transporting ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Bertini, I. / Banci, L.C. / Felli, I.C. / Pavelkova, A. / Rosato, A. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The solution structure of the copper(I)-mediated complex between the first soluble domain of the Menkes protein and the metallochaperone HAH1.
著者: Bertini, I. / Banci, L.C. / Felli, I.C. / Pavelkova, A. / Rosato, A.
履歴
登録2008年3月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-transporting ATPase 1
B: Copper transport protein ATOX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5253
ポリマ－15,4622
非ポリマー641
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #20closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Copper-transporting ATPase 1 / Copper pump 1 / Menkes disease-associated protein


分子量: 8049.171 Da / 分子数: 1 / 断片: HMA 1 domain: Residues 5-77 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP7A, MC1, MNK / プラスミド: pET20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS(DE3) / 参照: UniProt: Q04656, Cu2+-exporting ATPase
#2: タンパク質 Copper transport protein ATOX1 / Metal transport protein ATX1


分子量: 7412.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATOX1, HAH1 / プラスミド: pET20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS(DE3) / 参照: UniProt: O00244
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D HNCO
1523D HN(CA)CB
1623D (H)CCH-TOCSY
1723D 1H-15N NOESY
1823D 1H-13C NOESY
2912D 1H-15N HSQC
21012D 1H-13C HSQC
21113D CBCA(CO)NH
21213D HNCO
21313D HN(CA)CB
21413D (H)CCH-TOCSY
21513D 1H-15N NOESY
21613D 1H-13C NOESY
117213C-edited,13C-edited,13C,15N-filtered NOESY
218113C-edited,13C-edited,13C,15N-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM MNK1, 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HAH1, 0.6 mM COPPER(I) ION, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MNK1, 0.6 mM HAH1, 0.6 mM COPPER(I) ION, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MNK1, 1.0 mM HAH1, 1.0 mM COPPER(I) ION, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.0 mM MNK1, 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HAH1, 1.0 mM COPPER(I) ION, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMMNK11
0.6 mMHAH1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.6 mMCOPPER(I) ION1
0.6 mMMNK1[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.6 mMHAH12
0.6 mMCOPPER(I) ION2
0.6 mMMNK1[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1.0 mMHAH13
1.0 mMCOPPER(I) ION3
1.0 mMMNK14
0.6 mMHAH1[U-100% 13C; U-100% 15N]4
1.0 mMCOPPER(I) ION4
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
17ambient 298 K
27ambient 298 K
37ambient 298 K
47ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE4001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003
Bruker AvanceBrukerAVANCE7004
Bruker AvanceBrukerAVANCE8005
Bruker AvanceBrukerAVANCE9006

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, et.al, and Kollm精密化
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: MD in explicit solvent
NMR constraintsNOE constraints total: 2206 / NOE intraresidue total count: 452 / NOE long range total count: 784 / NOE medium range total count: 413 / NOE sequential total count: 557 / Protein phi angle constraints total count: 91 / Protein psi angle constraints total count: 91
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0088 Å / Distance rms dev error: 0.001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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