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- PDB-2k0q: Solution structure of CopK, a periplasmic protein involved in cop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k0q
タイトルSolution structure of CopK, a periplasmic protein involved in copper resistance in Cupriavidus metallidurans CH34
要素Putative uncharacterized protein copK
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / copper / heavy metal resistance / open barrel / Plasmid-ENCODED
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper resistance protein K / Copper resistance protein K / CopK superfamily / Copper resistance protein K / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper resistance protein K
類似検索 - 構成要素
生物種CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bersch, B. / Favier, A. / Schanda, P. / Coves, J. / van Aelst, S. / Vallaeys, T. / Wattiez, R. / Mergeay, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Molecular structure and metal-binding properties of the periplasmic CopK protein expressed in Cupriavidus metallidurans CH34 during copper challenge.
著者: Bersch, B. / Favier, A. / Schanda, P. / van Aelst, S. / Vallaeys, T. / Coves, J. / Mergeay, M. / Wattiez, R.
#1: ジャーナル: Microbiology / 年: 2006
タイトル: Transcriptomic and proteomic analyses of the pMOL30-encoded copper resistance in Cupriavidus metallidurans strain CH34.
著者: Monchy, S. / Benotmane, M.A. / Wattiez, R. / van Aelst, S. / Auquier, V. / Borremans, B. / Mergeay, M. / Taghavi, S. / van der Lelie, D. / Vallaeys, T.
履歴
登録2008年2月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein copK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2951
ポリマ－8,2951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein copK


分子量: 8294.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア)
株: CH34 / 遺伝子: copK / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58AD3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D H(CCO)NH
1413D C(CO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1642D 1H-1H NOESY
1733D HNCO-type
1833D HNCO-type
192relaxation
11023D 15N NOESY-HSQC
11122D-SOFAST
1125relaxation

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CopK, 50 mM MES, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5 mM [U-100% 15N] CopK, 50 mM MES, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.5 mM CopK, 50 mM MES, 5 % C12E5, 5 % hexanol, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.5 mM CopK, 50 mM MES, 100% D2O100% D2O
50.5 mM [U-100% 15N] CopK, 50 mM MES, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMCopK[U-100% 13C; U-100% 15N]1
55 MH2O1
50 mMMES1
1.5 mMCopK[U-100% 15N]2
55 MH2O2
50 mMMES2
1.5 mMCopK3
55 MH2O3
50 mMMES3
5 %C12E53
5 %hexanol3
1.5 mMCopK4
55 MD2O4
50 mMMES4
0.5 mMCopK[U-100% 15N]5
55 MH2O5
50 mMMES5
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian DirectDriveVarianDirect Drive6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
NMRViewJohnson, B.A. et al.chemical shift assignment
NMRViewJohnson, B.A. et al.peak picking
NMRViewJohnson, B.A. et al.データ解析
NMRDrawDelaglio, F. et al.peak picking
NMRDrawDelaglio, F. et al.geometry optimization
TALOSCornilescu, G. et al.データ解析
TENSORDosset, P. et al.データ解析
ModuleDosset, P. et al.データ解析
CNSBrunger, A.T. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: ATNOS/CANDID interfaced to CNS, ARIA 1.2 with ATNOS/CANDID + dihedral (Talos) restraints, water refinement, ARIA 1.2 with ATNOS/CANDID, dihedral (Talos) and rdc restraints, water refinement
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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