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- PDB-2jzc: NMR solution structure of ALG13: The sugar donor subunit of a yea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jzc
タイトルNMR solution structure of ALG13: The sugar donor subunit of a yeast N-acetylglucosamine transferase. Northeast Structural Genomics Consortium target YG1
要素UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13
キーワードTRANSFERASE / Rossmann-like fold / Endoplasmic reticulum / Glycosyltransferase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylglucosaminyldiphosphodolichol N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyldiphosphodolichol N-acetylglucosaminyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine transferase complex / cytoplasmic side of Golgi membrane / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / endoplasmic reticulum / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl transferase, family 28, C-terminal / Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, X. / Weldeghorghis, T. / Zhang, G. / Imepriali, B. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Solution structure of Alg13: the sugar donor subunit of a yeast N-acetylglucosamine transferase.
著者: Wang, X. / Weldeghiorghis, T. / Zhang, G. / Imperiali, B. / Prestegard, J.H.
履歴
登録2008年1月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0981
ポリマ－25,0981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13 / Asparagine-linked glycosylation protein 13


分子量: 25097.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: ALG13, YGL047W / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P53178, N-acetylglucosaminyldiphosphodolichol N-acetylglucosaminyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HN(COCA)CB
1613D HN(CA)CO
1713D HNCO
1823D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11033D 1H-13C NOESY
11142D S3-TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.35 mM [U-13C; U-15N; U-2H] ALG13, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.35 mM [U-15N;U-2H; 13C,1H Leu, Val, Ile.D1 methyl] ALG13, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.35 mM [U-15N;U-2H; 13C,1H Leu, Val, Ile.D1 methyl; 1H-Phe] ALG13, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.35 mM [U-13C; U-15N; U-2H] ALG13, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 3.5 % w/v acrylamide, 3.5 % w/v (3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.35 mMALG13[U-13C; U-15N; U-2H]1
20 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
0.02 %sodium azide1
0.35 mMALG13[U-15N;U-2H; 13C,1H Leu, Val, Ile.D1 methyl]2
20 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
0.35 mMALG13[U-15N;U-2H; 13C,1H Leu, Val, Ile.D1 methyl; 1H-Phe]3
20 mMsodium phosphate3
100 mMsodium chloride3
0.35 mMALG13[U-13C; U-15N; U-2H]4
20 mMsodium phosphate4
100 mMsodium chloride4
0.02 %sodium azide4
3.5 %acrylamide4
3.5 %(3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride4
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 297 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityVarianUNITY6001
Varian UnityVarianUNITY9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Simulated annealing with the default XPLOR-NIH refinement protocol
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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