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万見
- PDB-2jxm: Ensemble of twenty structures of the Prochlorothrix hollandica pl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jxm
タイトルEnsemble of twenty structures of the Prochlorothrix hollandica plastocyanin- cytochrome f complex
要素
  • Cytochrome f
  • Plastocyanin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Copper / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


: / electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin, cyanobacteria / Cytochrome f large domain / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type ...Plastocyanin, cyanobacteria / Cytochrome f large domain / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Rudiment single hybrid motif / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HEME C / Plastocyanin / Cytochrome f
類似検索 - 構成要素
生物種Prochlorothrix hollandica (バクテリア)
手法溶液NMR / Rigid Body docking, Energy minimisation
データ登録者Hulsker, R. / Baranova, M. / Bullerjahn, G. / Ubbink, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Dynamics in the transient complex of plastocyanin-cytochrome f from Prochlorothrix hollandica.
著者: Hulsker, R. / Baranova, M.V. / Bullerjahn, G.S. / Ubbink, M.
履歴
登録2007年11月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plastocyanin
B: Cytochrome f
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4424
ポリマ－36,7602
非ポリマー6822
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Plastocyanin


分子量: 10148.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorothrix hollandica (バクテリア)
遺伝子: petE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50057
#2: タンパク質 Cytochrome f


分子量: 26611.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorothrix hollandica (バクテリア)
遺伝子: petA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RN59
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 85 uM [U-99% 15N] plastocyanin, 50 uM cytochrome f, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
85 uMplastocyanin[U-99% 15N]1
50 uMcytochrome f1
試料状態イオン強度: 10 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
AzaraBoucher, W.解析
AzaraBoucher, W.データ解析
ANSIGKraulis, P.J.解析
ANSIGKraulis, P.J.データ解析
X-PLOR NIHSchwieters, C.D. et al.精密化
精密化手法: Rigid Body docking, Energy minimisation / ソフトェア番号: 1
詳細: Rigid Body docking based on PDB entry 1B3I and a homology model of cytochrome f. Docking energies based on pseudocontact and chemical shift perturbation restraints. Energy minimisation of side-chains.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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