[日本語] English
万見
- PDB-1b3i: NMR SOLUTION STRUCTURE OF PLASTOCYANIN FROM THE PHOTOSYNTHETIC PR... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b3i
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF PLASTOCYANIN FROM THE PHOTOSYNTHETIC PROKARYOTE, PROCHLOROTHRIX HOLLANDICA (MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE)
要素PROTEIN (PLASTOCYANIN)
キーワードELECTRON TRANSPORT / TYPE I COPPER PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin, cyanobacteria / Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Plastocyanin, cyanobacteria / Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Plastocyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Prochlorothrix hollandica (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Babu, C.R. / Volkman, B.F. / Bullerjahn, G.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: NMR solution structure of plastocyanin from the photosynthetic prokaryote, Prochlorothrix hollandica.
著者: Babu, C.R. / Volkman, B.F. / Bullerjahn, G.S.
履歴
登録1998年12月11日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PLASTOCYANIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2122
ポリマ－10,1491
非ポリマー641
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 40LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PLASTOCYANIN) / PETE PROTEIN


分子量: 10148.560 Da / 分子数: 1 / 変異: T2S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: T2S MUTATION INTRODUCED TO CLONE IN EXPRESSION VECTOR
由来: (組換発現) Prochlorothrix hollandica (バクテリア)
解説: INCLUSION BODIES WERE REFOLDED IN-VITRO / 細胞内の位置: THYLAKOID LUMEN / 遺伝子: PETE / プラスミド: PVAPC10
細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM - INCLUSION BODIES
遺伝子 (発現宿主): PETE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: UniProt: P50057, plastoquinol-plastocyanin reductase
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
配列の詳細T2S - INTRODUCED TO CLONE, R61A - MISTAKE IN GB ENTRY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TWO- DIMENCIONAL NMR SPECTROSCOPY. WATER SUPPRESSION WAS ACHIEVED WITH A WATERGATE SEQ. WITH A 3-9-19 SELECTIVE INVERSION.

-
試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 20mM POTASSIUM PHOSPHATE / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX750 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX750 / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANAP.GUNTERT, C.MUMENTHALER, K.WUTHRICH精密化
DYANA1.5構造決定
Felix構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS ARE IN THE SUBMITTED FILE AND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE RESTRAINTS ARE IN THE FILES WITH THE 19 CONFORMERS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る