PDB-2jua: Assignment, structure, and dynamics of de novo designed protein S836

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jua

タイトル

Assignment, structure, and dynamics of de novo designed protein S836

要素

de novo protein S836

キーワード

DE NOVO PROTEIN

機能・相同性

Designed four-helix bundle protein / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Go, A. / Kim, S. / Baum, J.S. / Hecht, M.H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Structure and dynamics of de novo proteins from a designed superfamily of 4-helix bundles.
著者: Go, A. / Kim, S. / Baum, J. / Hecht, M.H.

履歴

登録	2007年8月16日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 999

Sequence This is a de novo Protein design sequence.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jua.cif.gz	639.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jua.ent.gz	533.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jua_validation.pdf.gz	339.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jua_full_validation.pdf.gz	532.4 KB	表示
XML形式データ	2jua_validation.xml.gz	64.4 KB	表示
CIF形式データ	2jua_validation.cif.gz	85.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/2jua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/2jua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p68
類似構造データ	3ezi-2 6dg6-5 6dg6-4 2v33-1 4hun-3 5jhc-6 1p68-d 3w65-d 3tqm-3 1h3l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 5687sibling protein S824 BMRB: 15437

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: de novo protein S836

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	de novo protein S836 分子量: 11946.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Ambiguous conformational states: Y2, Q24, and N84 register possible alternate alpha carbon chemical shifts 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pet3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	2	2D 1H-13C HSQC
1	3	2	3D CBCA(CO)NH
1	4	2	3D C(CO)NH
1	5	2	3D HNCO
1	6	2	3D HNCA
1	7	2	3D HN(CA)CB
1	8	2	3D H(CCO)NH
1	9	2	3D (H)CCH-TOCSY
1	10	1	3D HNHA
1	11	1	3D 1H-15N NOESY
1	12	1	3D 1H-15N TOCSY
1	13	2	3D 1H-13C NOESY
1	14	2	3D (HCA)CO(CA)NH

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1-2 mM [U-15N] S836, 10 % [U-2H] D2O, 50 mM acetic acid - sodium acetate, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	2 mM [U-13C; U-15N] S836, 10 % [U-2H] D2O, 50 mM [U-13C] acetic acid - sodium acetate, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	S836	[U-15N]	1
10 %	D2O	[U-2H]	1
50 mM	acetic acid - sodium acetate		1
2 mM	S836	[U-13C; U-15N]	2
10 %	D2O	[U-2H]	2
50 mM	acetic acid - sodium acetate	[U-13C]	2

試料状態

pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, F. et al.	解析
Sparky	Goddard, T.D. et al.	データ解析
NMRDraw	Delaglio, F. et al.	データ解析
X-PLOR NIH	Schwieters, C.D. et al.	構造決定
X-PLOR NIH	Schwieters, C.D. et al.	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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