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万見
- PDB-2v33: High resolution crystal structure of domain III of E1 fusion glyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v33
タイトルHigh resolution crystal structure of domain III of E1 fusion glycoprotein of Semliki Forest Virus
要素E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / virion assembly / small molecule binding / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / virion assembly / small molecule binding / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein ...Immunoglobulin-like - #350 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SEMLIKI FOREST VIRUS (セムリキ森林ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Vaney, M.C. / Rey, F.A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: High Resolution Structure of Domain III from Class II Fusion Protein of Semliki Forest Virus
著者: Vaney, M.C. / Vigouroux, A. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure and Interactions at the Viral Surface of the Envelope Protein E1 of Semliki Forest Virus.
著者: Roussel, A. / Lescar, J. / Vaney, M.C. / Wengler, G. / Rey, F.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Conformational Change and Protein-Protein Interactions of the Fusion Protein of Semliki Forest Virus.
著者: Gibbons, D.L. / Vaney, M.C. / Roussel, A. / Vigouroux, A. / Reilly, B. / Lepault, J. / Kielian, M. / Rey, F.A.
履歴
登録2007年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN
B: E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8194
ポリマ－18,6952
非ポリマー1242
水2,468137
1
A: E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4713
ポリマ－9,3471
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3471
ポリマ－9,3471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.343, 62.659, 113.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2070-

HOH

21B-2071-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.02945, 0.9988, 0.03936), (0.9968, -0.03229, 0.07372), (0.0749, 0.03707, -0.9965)
ベクター: 26.19, -34.86, 137)

-
要素

#1: タンパク質 E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN / SPIKE GLYCOPROTEIN E1


分子量: 9347.467 Da / 分子数: 2
断片: DOMAIN III OF SPIKE GLYCOPROTEIN E1, RESIDUES 1107-1197
由来タイプ: 天然
由来: (天然) SEMLIKI FOREST VIRUS (セムリキ森林ウイルス)
参照: UniProt: P03315
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 8K, 0.2M NA ACETATE, 0.1M CACO PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月4日
放射モノクロメーター: DIAMOND(111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→28.57 Å / Num. obs: 31583 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RER (DOMAIN III)

1rer


解像度: 1.55→28.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.078 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES ADOPT AN ALTERNATE CONFORMATION. FOR CHAIN A, THR 300A, THR 319A, VAL 336A, SER 362A, THR 307A, THR343A, LYS 351A, ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES ADOPT AN ALTERNATE CONFORMATION. FOR CHAIN A, THR 300A, THR 319A, VAL 336A, SER 362A, THR 307A, THR343A, LYS 351A, SER 357A. FOR CHAIN B, THR 300B, ,THR 302B,THR 305B,CYS 306B,THR 307B,LOOP PHE312B- GLY313B- -GLY314B, THR 319B,LOOP SER332B-HIS333B-SER334B-ASN 335B, ,VAL 336B,THR 338B,THR 343B,SER 357B,SER 362B,SER 371B. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1579 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 29589 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1300 0 8 137 1445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.9392070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4125226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.75924.63441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.20515232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.912152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2840.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3130.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1931.51028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02621670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6943490
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1154.5382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.243 99
Rwork0.219 2079

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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