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万見
- PDB-2ju4: NMR structure of the gamma subunit of cGMP phosphodiesterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ju4
タイトルNMR structure of the gamma subunit of cGMP phosphodiesterase
要素Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
キーワードHYDROLASE / Intrinsic Disordered Protein / Paramagnetic Relaxation Enhancement / cGMP / Sensory transduction / Vision / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of the phototransduction cascade / Ca2+ pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / cGMP binding ...3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of the phototransduction cascade / Ca2+ pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / cGMP binding / visual perception / photoreceptor disc membrane / molecular adaptor activity / positive regulation of MAPK cascade / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Intrinsically disordered gamma-subunit of cGMP phosphodiesterase / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RCY / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Song, J. / Guo, L.W. / Ruoho, A.E. / Markley, J.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Intrinsically disordered gamma-subunit of cGMP phosphodiesterase encodes functionally relevant transient secondary and tertiary structure.
著者: Song, J. / Guo, L.W. / Muradov, H. / Artemyev, N.O. / Ruoho, A.E. / Markley, J.L.
履歴
登録2007年8月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月15日Group: Structure summary
改定 1.32012年2月22日Group: Non-polymer description
改定 1.42020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,86511
ポリマ－9,4721
非ポリマー2,39310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)100 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma / GMP-PDE gamma


分子量: 9472.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: Retina / 遺伝子: PDE6G, PDEG / プラスミド: pTXBI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04972, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-RCY / (3'R)-1'-oxyl-2',2',5',5'-tetramethyl-1,3'-bipyrrolidine-2,5-dione / 3-Maleimido-PROXYL (bound form)


分子量: 239.291 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N2O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1242D 1H-1H TOCSY
1343D CBCA(CO)NH
1443D HN(CA)CB
1542D 1H-1H TOCSY
1643D HBHA(CO)NH
1743D H(CCO)NH
1843D C(CO)NH
1943D HNCO
11043D HNHA
11122D 1H-15N HSQC
11232D 1H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: This protein is intrinsically disordered. Because the structures are largely disordered in solution, they contain several different conformational population. Therefore all the structures can not be superimposed.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.05 mM [U-100% 15N] PDEgamma, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.05 mM [U-15N] PROXYL-PDEgamma, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.05 mM [U-100% 15N] PROXYL-PDEgamma, 5 mM Ascorbic Acid, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
40.09 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PDEgamma, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.05 mMPDEgamma[U-100% 15N]1
0.05 mMPROXYL-PDEgamma[U-15N]2
0.05 mMPROXYL-PDEgamma[U-100% 15N]3
5 mMAscorbic Acid3
0.09 mMPDEgamma[U-100% 13C; U-100% 15N]4
試料状態イオン強度: 0 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.4Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMRVariancollection
Sparky2.112Goddard解析
XPLOR-NIH2.11.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: There are 10272 close contacts in this entry. The deposited structures were calculated using the combined distance restraints derived from ten single PDEgamma mutants (in each mutant a native ...詳細: There are 10272 close contacts in this entry. The deposited structures were calculated using the combined distance restraints derived from ten single PDEgamma mutants (in each mutant a native residue was replaced by the 3-maleimido-PROXYL-cysteine residue). As a result, the deposited structures contain 10 mutated residues which do not coexist in the process of NMR structure determination. To avoid the artificial steric hinderance between individual spin groups, the Van der Waals contacts involving the 2,2,5,5-tetramethyl-1-pyrrolidinyloxy group (but not the maleimide group) are turned off in the structure calculation.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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