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- PDB-2ju2: Minimized mean solution structure of the acyl carrier protein dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ju2
タイトルMinimized mean solution structure of the acyl carrier protein domain from module 2 of 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS)
要素Erythronolide synthase
キーワードTRANSFERASE / carrier protein domain / modular polyketide synthase / alpha-helical bundle / Acyltransferase / Antibiotic biosynthesis / Multifunctional enzyme / NADP / Phosphopantetheine
機能・相同性
機能・相同性情報


6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
CurL-like, PKS C-terminal / ACP-like / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase ...CurL-like, PKS C-terminal / ACP-like / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythronolide synthase EryA1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailsresidues 5-95 are identical to the DEBS residues 3318-3408 (EryA, EntrezProtein accession no. AAA26493)
Model type detailsminimized average
データ登録者Alekseyev, V.Y. / Liu, C.W. / Puglisi, J.D. / Khosla, C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Solution structure and proposed domain domain recognition interface of an acyl carrier protein domain from a modular polyketide synthase.
著者: Alekseyev, V.Y. / Liu, C.W. / Cane, D.E. / Puglisi, J.D. / Khosla, C.
履歴
登録2007年8月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythronolide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1611
ポリマ－10,1611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Erythronolide synthase / ORF 1 / 6-deoxyerythronolide B synthase I / DEBS 1


分子量: 10160.617 Da / 分子数: 1 / 断片: acyl carrier protein domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
解説: stop codon at the C-terminus, before the C-terminal His-tag present in the expression vector plasmid
遺伝子: eryA / プラスミド: pET28(a) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03131, 6-deoxyerythronolide-B synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: residues 5-95 are identical to the DEBS residues 3318-3408 (EryA, EntrezProtein accession no. AAA26493)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C/15N NOESY
1313D (H)CCH-TOCSY
1413D HNHA
1512D 1H-15N HSQC
1613D HN(CA)CB
1713D C(CO)NH

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試料調製

詳細内容: 0.8-1 mM [U-13C; U-15N] acyl carrier protein, 0.05 % sodium azide, 30 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMacyl carrier protein[U-13C; U-15N]1
0.05 %sodium azide1
30 mMsodium phosphate1
試料状態イオン強度: 30 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA5002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guntert, P. et al.構造決定
DYANA1.5Guntert, P. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The standard simulated annealing protocol included as part of DYANA software was used to calculate a total of 50 structures, of which 30 structures with the lowest target function values were ...詳細: The standard simulated annealing protocol included as part of DYANA software was used to calculate a total of 50 structures, of which 30 structures with the lowest target function values were chosen for the solution structure ensemble. The helical regions of these 30 structures were superimposed and the mean structure was obtained using MOLMOL software, then subjected to the standard variable target function minimization implemented in DYANA. The resulting minimized mean structure is deposited here. The ensemble of 30 structures is deposited in the PDB entry 2ju1.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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