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万見
- PDB-2jrl: Solution structure of the beryllofluoride-activated NtrC4 receive... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jrl
タイトルSolution structure of the beryllofluoride-activated NtrC4 receiver domain dimer
要素Transcriptional regulator (NtrC family)
キーワードTRANSCRIPTION / NTRC / NTRC4 / RECEIVER DOMAIN / TRANSCRIPTION REGULATOR / DIMER / Structural Genomics / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator (NtrC family)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsTRANSCRIPTIONAL REGULATOR (NTRC FAMILY)
データ登録者Lee, C. / Hong, E. / Doucleff, M. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of the Beryllofluoride-Activated NtrC4 Receiver Domain Dimer.
著者: Lee, C. / Doucleff, M. / Hong, E. / Pelton, J. / Wemmer, D.
履歴
登録2007年6月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator (NtrC family)
B: Transcriptional regulator (NtrC family)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3332
ポリマ－27,3332
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator (NtrC family)


分子量: 13666.570 Da / 分子数: 2 / 断片: NtrC4 receiver domain: Residues 1-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: ntrC4, aq_164 / プラスミド: pET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66551

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (NTRC FAMILY)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D 1H-15N NOESY
1313D (H)CCH-TOCSY
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCA
17115N-IPAP-HSQC
182[F1] 13C-edited [F3] 13C-filtered HSQC-NOESY
191HBHA(CO)NH
11012D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NtrC4Ra, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-100% 13C] labeled, 0.8 mM non-labeled, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMNtrC4Ra[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.8 mMlabeled[U-100% 13C]2
0.8 mMnon-labeled2
試料状態イオン強度: 0 / pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX9001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.1.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
Sparky3.12Goddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIH2.1.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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