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万見
- PDB-1d5w: PHOSPHORYLATED FIXJ RECEIVER DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d5w
タイトルPHOSPHORYLATED FIXJ RECEIVER DOMAIN
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
キーワードGENE REGULATION / DOUBLY WOUND FIVE-STRANDED BETA/ALPHA FOLD / PHOSPHORYLATED PROTEIN / NITROGEN FIXATION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen fixation / DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulatory protein FixJ
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Birck, C. / Mourey, L. / Gouet, P. / Fabry, B. / Schumacher, J. / Rousseau, P. / Kahn, D. / Samama, J.P.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Conformational changes induced by phosphorylation of the FixJ receiver domain.
著者: Birck, C. / Mourey, L. / Gouet, P. / Fabry, B. / Schumacher, J. / Rousseau, P. / Kahn, D. / Samama, J.P.
履歴
登録1999年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年8月22日Group: Other
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2647
ポリマ－41,8803
非ポリマー3844
水2,594144
1
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1124
ポリマ－27,9202
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_658-x+1,y,-z+31
2
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2085
ポリマ－27,9202
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.150, 91.300, 59.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細CHAINS B AND C CONSTITUTE ONE BIOLOGICAL MOLECULE AND CHAINS A AND D (D GENERATED FROM A USING BIOMT IN REMARK 350) CONSTITUTE THE OTHER.

-
要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ


分子量: 13959.987 Da / 分子数: 3 / 断片: FIXJ RECEIVER DOMAIN (RESIDUES 1-126) / 変異: T2Q, A125L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
キーワード: PHOSPHORYLATED ON ASP-54. IN THIS ENTRY, THE RESIDUE NAME PAS STANDS FOR PHOSPHOASPARTATE
参照: UniProt: P10958
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144
断片: WATER MOLECULES WITH RESIDUE NUMBER 1011 AND 1053 ARE MOST PROBABLY AMMONIUM IONS.
由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: AMMONIUM SULFATE, 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, HEPES, TRITON X-100, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
詳細: drop was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
30.1 mMEDTA1drop
41 mMdithiothreitol1drop
540 %(w/v)PEG15001reservoir
620 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID14-310.932
シンクロトロンESRF ID14-420.946
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD1998年9月19日
ADSC2CCD1999年2月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9321
20.9461
反射解像度: 2.3→24.5 Å / Num. all: 26027 / Num. obs: 26027 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 93
反射
*PLUS
Num. measured all: 83599
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→24.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1180802.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1188 4.6 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.218 25999 --
obs0.218 25999 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.07 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2 Å20 Å2-7.68 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3----8.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2814 0 20 144 2978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.032.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 178 4 %
Rwork0.277 4259 -
obs--91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2APP.PARAMAPP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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