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- PDB-2jri: Solution structure of the Josephin domain of Ataxin-3 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jri
タイトルSolution structure of the Josephin domain of Ataxin-3 in complex with ubiquitin molecule.
要素
  • Ataxin-3
  • UBC protein
キーワードHYDROLASE/SIGNALING PROTEIN / di-ubiquitin / Lys48-linked / Josephin domain of ataxin-3 / spinocerebellar ataxia type 3 protein / Alternative splicing / Hydrolase / Neurodegeneration / Nucleus / Phosphorylation / Polymorphism / Transcription / Transcription regulation / Triplet repeat expansion / HYDROLASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytosolic proteasome complex / regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of ERAD pathway / monoubiquitinated protein deubiquitination / intermediate filament cytoskeleton organization / nuclear inclusion body / protein K48-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / cellular response to misfolded protein / protein K63-linked deubiquitination ...protein localization to cytosolic proteasome complex / regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of ERAD pathway / monoubiquitinated protein deubiquitination / intermediate filament cytoskeleton organization / nuclear inclusion body / protein K48-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / cellular response to misfolded protein / protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / K63-linked deubiquitinase activity / exploration behavior / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein deubiquitination / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of TORC1 signaling / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / NF-kB is activated and signals survival / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NRIF signals cell death from the nucleus / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / cellular response to amino acid starvation / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by REV1 / Regulation of BACH1 activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TCF dependent signaling in response to WNT / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / Regulation of NF-kappa B signaling / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / nucleotide-excision repair / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of signaling by CBL / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Negative regulation of FGFR3 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Stabilization of p53 / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling
類似検索 - 分子機能
Cathepsin B; Chain A - #40 / Machado-Joseph disease protein / Unstructured region C-term to UIM in Ataxin3 / Josephin domain / Josephin / Josephin domain profile. / Josephin / S15/NS1, RNA-binding / Ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. ...Cathepsin B; Chain A - #40 / Machado-Joseph disease protein / Unstructured region C-term to UIM in Ataxin3 / Josephin domain / Josephin / Josephin domain profile. / Josephin / S15/NS1, RNA-binding / Ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Helix Hairpins / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Ataxin-3 / UBC protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailstrascription/protein binding, machado-joseph disease protein, ubiquitin-proteasome pathway
データ登録者Nicastro, G. / Masino, L. / Esposito, V. / Menon, R. / Pastore, A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Understanding the plasticity of the ubiquitin-protein recognition code: the josephin domain of ataxin-3 is a diubiquitin binding motif
著者: Nicastro, G. / Menon, R. / Masino, L. / Pastore, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: The solution structure of the Josephin domain of ataxin-3: structural determinants for molecular recognition.
著者: Nicastro, G. / Masino, L. / Esposito, V. / Menon, R. / Pastore, A.
履歴
登録2007年6月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ataxin-3
B: UBC protein
C: UBC protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2073
ポリマ－38,2073
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ataxin-3 / Machado-Joseph disease protein 1 / Spinocerebellar ataxia type 3 protein


分子量: 21053.768 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal domain of ataxin-3 sequence database residues 1-182
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATXN3, ATX3, MJD, MJD1, SCA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: P54252, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質 UBC protein


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 318-469 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q96H31, UniProt: P0CG48*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: trascription/protein binding, machado-joseph disease protein, ubiquitin-proteasome pathway
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY-HSQC
1413D 1H-13C NOESY-HSQC
1513D filtered 13C 15N

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試料調製

詳細内容: 0.1 - 0.3 mM [U-15N] protein, 0.1 -0.3 mM [U-13C; U-15N] protein, 0.1-0.3 mM protein, 0.1-0.3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 mMentity-1[U-15N]1
0.1 mMentity-2[U-13C; U-15N]1
0.1 mMentity-31
0.1 mMentity-4[U-13C; U-15N; U-2H]1
試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.1Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
HADDOCK2Dominguez, Boelens, Bonvin構造決定
HADDOCK2Dominguez, Boelens, Bonvin精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: refinement in explicit solvent
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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