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万見
- PDB-2jqq: Solution structure of Saccharomyces cerevisiae conserved oligomer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jqq
タイトルSolution structure of Saccharomyces cerevisiae conserved oligomeric Golgi subunit 2 protein (Cog2p)
要素Conserved oligomeric Golgi complex subunit 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / protein (タンパク質) / helical bundle (ヘリックスバンドル) / vesicular transport / tethering (テザリング)
機能・相同性
機能・相同性情報


retrograde transport, vesicle recycling within Golgi / autophagy of peroxisome / Golgi transport complex / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / intra-Golgi vesicle-mediated transport / extrinsic component of membrane / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / オートファジー / ゴルジ体 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1240 / Conserved oligomeric Golgi complex, subunit 2, N-terminal / COG2 N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Conserved oligomeric Golgi complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Cavanaugh, L.F. / Chen, X. / Pelczer, I. / Rizo, J. / Hughson, F.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural analysis of conserved oligomeric Golgi complex subunit 2
著者: Cavanaugh, L.F. / Chen, X. / Richardson, B.C. / Ungar, D. / Pelczer, I. / Rizo, J. / Hughson, F.M.
履歴
登録2007年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.62024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved oligomeric Golgi complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4431
ポリマ－23,4431
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Conserved oligomeric Golgi complex subunit 2 / / COG complex subunit 2 / Protein SEC35


分子量: 23442.502 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 61-262 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: COG2, SEC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53271

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1422D DQF-COSY
1512D 1H-15N HSQC
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D C(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11032D 1H-13C CT-HSQC
NMR実験の詳細Text: Experiments collected at the EMSL at PNNL. Residues 59-108 were present in the Cog2 protein used in this NMR study; however a lack of long-range contacts prevented the inclusion of these ...Text: Experiments collected at the EMSL at PNNL. Residues 59-108 were present in the Cog2 protein used in this NMR study; however a lack of long-range contacts prevented the inclusion of these residues in the final models.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Cog2p, 3 mM TRIS, 50 uM EDTA, 10 mM sodium chloride, 0.0025 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Cog2p, 3 mM TRIS, 50 uM EDTA, 10 mM sodium chloride, 0.0025 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Cog2p, 3 mM TRIS, 50 uM EDTA, 10 mM sodium chloride, 0.0025 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCog2p[U-100% 13C; U-100% 15N]1
3 mMTRIS1
50 uMEDTA1
10 mMsodium chloride1
0.0025 %sodium azide1
1 mMCog2p[U-100% 13C; U-100% 15N]2
3 mMTRIS2
50 uMEDTA2
10 mMsodium chloride2
0.0025 %sodium azide2
1 mMCog2p[U-100% 13C; U-100% 15N]3
3 mMTRIS3
50 uMEDTA3
10 mMsodium chloride3
0.0025 %sodium azide3
試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1A Brunger, P Adams, M Clore, P Gros, M Nilges and R Read構造決定
CNS1.1A Brunger, P Adams, M Clore, P Gros, M Nilges and R Read精密化
NMRPipeF Delaglio, S Grzesiek, GW Vuister, G Zhu, J Pfeifer and A Bax解析
AQUAT Rullmann, JF Doreleijers and R Kaptein精密化
NMRViewB Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewB Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewB Johnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOSG Cornilescu, F Delaglio and A Baxgeometry optimization
XwinNMRBruker Biospincollection
ProcheckNMRRA Laskowski and M MacArthur精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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