[日本語] English
万見
- PDB-2jq8: Solution structure of the Somatomedin B domain from vitronectin p... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jq8
タイトルSolution structure of the Somatomedin B domain from vitronectin produced in Pichia pastoris
要素Vitronectin
キーワードCELL ADHESION / somatomedin B domain / vitronectin / disulfide-rich domain / PAI-1 / uPAR
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle cell-matrix adhesion / rough endoplasmic reticulum lumen / peptidase inhibitor complex / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / protein complex involved in cell-matrix adhesion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of smooth muscle cell migration ...smooth muscle cell-matrix adhesion / rough endoplasmic reticulum lumen / peptidase inhibitor complex / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / protein complex involved in cell-matrix adhesion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of smooth muscle cell migration / extracellular matrix structural constituent / Molecules associated with elastic fibres / scavenger receptor activity / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / positive regulation of wound healing / endodermal cell differentiation / polysaccharide binding / oligodendrocyte differentiation / basement membrane / negative regulation of blood coagulation / protein polymerization / negative regulation of fibrinolysis / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / regulation of cell adhesion / collagen binding / negative regulation of proteolysis / extracellular matrix organization / liver regeneration / Regulation of Complement cascade / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Golgi lumen / integrin binding / cell migration / heparin binding / : / blood microparticle / cell adhesion / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Somatomedin B domain, chordata / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. ...: / Somatomedin B domain, chordata / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Gaardsvoll, H. / Hirschberg, D. / Nielbo, S. / Mayasundari, A. / Peterson, C.B. / Jansson, A. / Jorgensen, T.J.D. / Poulsen, F.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of recombinant somatomedin B domain from vitronectin produced in Pichia pastoris
著者: Kjaergaard, M. / Gardsvoll, H. / Hirschberg, D. / Nielbo, S. / Mayasundari, A. / Peterson, C.B. / Jansson, A. / Jorgensen, T.J.D. / Poulsen, F.M. / Ploug, M.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vitronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1751
ポリマ－6,1751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 Vitronectin / Serum-spreading factor / S-protein / V75


分子量: 6174.770 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 20-66 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VTN / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P04004
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D HN(CO)CA
1613D HN(COCA)CB
1722D 1H-1H NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D 1H-15N NOESY
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SMB, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM SMB, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMSMB[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.7 mMSMB2
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Unity / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
ProntoKj r, Andersen and Poulsenchemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る