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万見
- PDB-1ssu: Structural and biochemical evidence for disulfide bond heterogene... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ssu
タイトルStructural and biochemical evidence for disulfide bond heterogeneity in active forms of the somatomedin B domain of human vitronectin
要素Vitronectin
キーワードCELL ADHESION / somatostatin B domain / vitronectin / disulfide bonds heterogeneity
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle cell-matrix adhesion / rough endoplasmic reticulum lumen / peptidase inhibitor complex / negative regulation of endopeptidase activity / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / protein complex involved in cell-matrix adhesion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell-substrate adhesion ...smooth muscle cell-matrix adhesion / rough endoplasmic reticulum lumen / peptidase inhibitor complex / negative regulation of endopeptidase activity / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / protein complex involved in cell-matrix adhesion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell-substrate adhesion / extracellular matrix structural constituent / Molecules associated with elastic fibres / scavenger receptor activity / cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of wound healing / Syndecan interactions / positive regulation of smooth muscle cell migration / endodermal cell differentiation / oligodendrocyte differentiation / polysaccharide binding / basement membrane / protein polymerization / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / regulation of cell adhesion / collagen binding / extracellular matrix organization / liver regeneration / Regulation of Complement cascade / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Golgi lumen / positive regulation of protein binding / integrin binding / cell migration / heparin binding / : / blood microparticle / cell adhesion / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Somatomedin B domain, chordata / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. ...: / Somatomedin B domain, chordata / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics in DYANA, simulated annealing, energy minimization in AMBER
データ登録者Kamikubo, Y. / De Guzman, R. / Kroon, G. / Curriden, S. / Neels, J.G. / Churchill, M.J. / Dawson, P. / Oldziej, S. / Jagielska, A. / Scheraga, H.A. ...Kamikubo, Y. / De Guzman, R. / Kroon, G. / Curriden, S. / Neels, J.G. / Churchill, M.J. / Dawson, P. / Oldziej, S. / Jagielska, A. / Scheraga, H.A. / Loskutoff, D.J. / Dyson, H.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Disulfide bonding arrangements in active forms of the somatomedin B domain of human vitronectin.
著者: Kamikubo, Y. / De Guzman, R. / Kroon, G. / Curriden, S. / Neels, J.G. / Churchill, M.J. / Dawson, P. / Oldziej, S. / Jagielska, A. / Scheraga, H.A. / Loskutoff, D.J. / Dyson, H.J.
履歴
登録2004年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8241
ポリマ－5,8241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20020 lowest energy structures
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Vitronectin


分子量: 5824.493 Da / 分子数: 1 / 断片: somatomedin B domain of human vitronectin / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VTN / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21trxB(DE3) / 参照: UniProt: P04004
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1313D 15N-separated NOESY
2422D NOESY
NMR実験の詳細Text: not applicable

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1N15-labeled protein 20 mM sodium phosphate pH 7.590% H2O/10% D2O
2unlabeled protein 20 mM sodium phosphate pH 7.590% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1180 mM 7.51 atm293 K
2180 mM 7.51 atm293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker DRXBrukerDRX7502
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Peter Guntert構造決定
Amber7D. Case, D. Pearlman et al.構造決定
NMRPipe2003DeLaglio, F.解析
NMRView4.1.3Bruce Johnsonデータ解析
Amber7D. Case, D. Pearlman et al.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics in DYANA, simulated annealing, energy minimization in AMBER
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 lowest energy structures
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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