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万見
- PDB-2jn9: NMR solution structure of YkvR protein from Bacillus subtilis: NE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jn9
タイトルNMR solution structure of YkvR protein from Bacillus subtilis: NESG target SR358
要素YkvR protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / YkvR / SR358 / Bacillus subtilis / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性YkvR-like / Protein of unknown function DUF3219 / YkvR-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3219) / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta / Uncharacterized protein YkvR
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / distance geometry
Model type detailsminimized average
データ登録者Gurla, S.V.T. / Aramini, J.M. / Chi Ho, K. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Liu, J. / Rost, B. ...Gurla, S.V.T. / Aramini, J.M. / Chi Ho, K. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Liu, J. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR solution structure of YkvR protein from Bacillus subtilis: NESG target SR358
著者: Gurla, S.V.T. / Aramini, J.M. / Chi Ho, K. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Liu, J. / Rost, B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2006年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YkvR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2441
ポリマ－12,2441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 56structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 YkvR protein


分子量: 12243.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ykvR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Magic / 参照: UniProt: O31683

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D CBCA(CO)NH
1213D HN(CA)CB
1312D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1513D HNCO
1613D HBHA(CO)NH
1723D HNHA
1833D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11033D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.17 mM protein, 1.0 mM sodium azide, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21.17 mM protein, 1.0 mM sodium azide, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
31.17 mM protein, 1.0 mM sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1.0 mMsodium azide1
1.0 mMsodium azide2
1.0 mMsodium azide3
試料状態イオン強度: 5.11 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski, Montelioneデータ解析
AVSMoseley and Montelioneデータ解析
AVSMoseley and Montelione解析
AutoStructureHuang, Swapana, Rajan, Ke, Xia, Shukla, Inouye and Montelione精密化
AutoStructureHuang, Swapana, Rajan, Ke, Xia, Shukla, Inouye and Montelione構造決定
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich精密化
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
X-PLOR2.0.6Brunger精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 56 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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