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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v8l | ||||||
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Title | Crystal structure of Ara h 8.0201 | ||||||
![]() | Ara h 8 allergen isoform | ||||||
![]() | ALLERGEN / peanut / PR-10 | ||||||
Function / homology | ![]() response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pote, S. / Offermann, L.R. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Ara h 8.0201 Authors: Pote, S. / Offermann, L.R. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M. | ||||||
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 269.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 7.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6v8hSC ![]() 6v8jC ![]() 6v8mC ![]() 6v8sC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 153 / Label seq-ID: 2 - 153
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 16432.467 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-DCR / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 / Details: 0.1M HEPES, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→40 Å / Num. obs: 40882 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 35.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2067 / CC1/2: 0.866 / CC star: 0.963 / Rpim(I) all: 0.234 / Rrim(I) all: 0.424 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6V8H Resolution: 1.95→24.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 12.403 / SU ML: 0.176 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.18 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.29 Å2 / Biso mean: 56.433 Å2 / Biso min: 30.54 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→24.1 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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