PDB-6ov1: Structure of Staphylococcus aureus RNase P protein mutant with de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ov1

タイトル

Structure of Staphylococcus aureus RNase P protein mutant with defective mRNA degradation activity

要素

Ribonuclease P protein component

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNase P protein / tRNA processing / mRNA degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease P complex / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Ha, L. / Colquhoun, J. / Noinaj, N. / Das, C. / Dunman, P. / Flaherty, D.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Genetic and biochemical characterization of Staphylococcus aureus RnpA
著者: Colquhoun, J.M. / Ha, L. / Noinaj, N. / Das, C. / Flaherty, D.P. / Dunman, P.M.

履歴

登録	2019年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ov1.cif.gz	155.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ov1.ent.gz	123 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ov1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ov1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ov1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1d6tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3a0d-d 3u3g-2 2hti-d 1g15-d 5czf-1 2wdo-d 6uy1-2 3u3g-3 6mr4-3 6uy1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Ribonuclease P protein component

B: Ribonuclease P protein component

31.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease P protein component

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease P protein component

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.386, 43.467, 45.837
Angle α, β, γ (deg.)	91.110, 114.830, 110.950
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Ribonuclease P protein component / RNaseP protein / Protein C5 分子量: 15906.618 Da / 分子数: 2 / 変異: P89A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: rnpA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0H5, ribonuclease P
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Imidazole-HCl, pH8 1.3 M Sodium Citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0322 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0322 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.657→50 Å / Num. obs: 29214 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.059 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.66-1.72	1.8	0.513	2838	0.573	0.513	0.725	1.04	92.2
1.72-1.79	1.8	0.389	2900	0.671	0.388	0.55	0.93	94.5
1.79-1.87	1.8	0.262	2912	0.821	0.262	0.371	0.983	94.4
1.87-1.97	1.7	0.159	2902	0.935	0.159	0.225	0.964	95.2
1.97-2.09	1.9	0.114	2916	0.961	0.114	0.162	1.04	94.6
2.09-2.25	1.8	0.082	2919	0.976	0.082	0.115	1.045	95.5
2.25-2.48	1.8	0.066	2923	0.981	0.066	0.094	1.126	95.3
2.48-2.84	1.8	0.051	2935	0.989	0.051	0.072	1.064	96.4
2.84-3.58	1.8	0.037	2986	0.992	0.037	0.052	1.023	97.1
3.58-50	1.8	0.027	2983	0.996	0.027	0.038	0.792	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1D6T

1d6t

解像度: 1.66→40.761 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2384	2003	6.86 %
R_work	0.1869	-	-
obs	0.1905	29206	94.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 272.34 Å² / B_iso mean: 47.7669 Å² / B_iso min: 17.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.66→40.761 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1898	0	0	126	2024
B_iso mean	-	-	-	43.7	-
残基数	-	-	-	-	241

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.66-1.6985	0.3224	135	0.3086	1779	87
1.6985-1.7444	0.3386	132	0.2849	1957	94
1.7444-1.7958	0.3421	141	0.274	1917	95
1.7958-1.8537	0.2836	149	0.2538	1936	95
1.8537-1.92	0.27	142	0.2334	1954	95
1.92-1.9968	0.2574	148	0.2138	1926	95
1.9968-2.0877	0.2491	136	0.1948	1962	95
2.0877-2.1978	0.2138	153	0.1895	1919	95
2.1978-2.3355	0.2651	135	0.1877	1977	96
2.3355-2.5158	0.2401	145	0.189	1943	95
2.5158-2.7689	0.2291	148	0.2015	1974	96
2.7689-3.1694	0.2525	144	0.2025	1995	97
3.1694-3.9926	0.2558	144	0.1642	1989	97
3.9926-40.761	0.1883	151	0.1522	1975	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4305	-4.6554	-3.5011	7.2925	3.981	7.846	-0.2375	-0.1728	-0.1402	0.3746	0.2576	0.1922	0.3451	-0.1198	0.0129	0.2466	-0.0094	-0.0452	0.2427	0.0271	0.1812	4.0419	7.9877	20.0265
2	3.5098	0.0102	-3.4102	9.6653	1.2578	3.688	-0.3699	-0.1912	-0.4564	-0.0854	0.2596	-0.2707	0.8989	0.4518	0.2019	0.3091	0.0267	-0.0583	0.2844	-0.0036	0.316	13.925	3.329	18.1782
3	0.9117	0.917	0.7472	7.7894	7.7733	7.6834	-0.1023	0.0444	-0.2142	0.4405	-0.0195	0.2004	0.5195	-0.098	0.1646	0.2998	0.0133	0.0049	0.2856	-0.0232	0.3049	-14.4829	-10.063	-12.437
4	6.0571	4.8813	5.1523	4.2266	5.2927	8.8574	-0.2748	0.0542	0.3386	-0.3697	-0.0097	0.4092	-0.6916	-0.4086	0.3204	0.2821	0.0499	-0.0439	0.2084	0.0504	0.254	-9.0557	11.1281	-7.2176
5	4.4958	-4.1235	6.274	8.6056	-3.9583	9.7609	-0.3164	-0.5053	0.1089	0.2113	0.124	-0.0747	-0.1695	-0.0352	0.2156	0.2215	-0.063	-0.0398	0.185	-0.0323	0.1562	2.4597	7.6347	4.7121
6	8.5357	3.5715	2.7946	5.2876	2.1358	5.6316	-0.0595	-0.2676	0.576	0.2351	-0.2528	0.6418	-0.0797	-0.5617	0.2987	0.2257	0.0331	0.0125	0.2461	-0.0247	0.1684	-11.3419	5.5277	-0.1734
7	3.5771	-4.6847	-3.5413	6.3636	3.482	6.6877	0.7072	1.0576	0.8836	-0.4904	0.0121	-0.7434	-0.6327	0.5201	-0.4949	0.2423	-0.0194	0.0197	0.4136	0.0232	0.2163	2.4578	3.4396	-8.689
8	2.615	3.0418	0.4747	4.04	-0.3268	9.1414	-0.3377	0.9664	-0.1845	-0.0841	0.4016	0.1185	0.7086	-0.3898	0.0348	0.2479	0.0149	-0.0433	0.3169	-0.0593	0.2861	1.8905	-4.8588	-6.6613
9	6.6136	3.0177	-2.6374	7.0892	-1.2303	3.2199	0.0456	-0.6843	-0.3683	0.4329	-0.2718	0.0894	0.3686	0.0683	0.1643	0.3453	-0.0186	-0.0143	0.2778	0.0087	0.1644	-7.9373	0.215	1.5248
10	6.43	-4.2718	-1.4621	5.2361	5.0098	7.1408	-0.0423	-0.1565	-0.1867	-0.0464	0.165	-0.2568	0.1116	0.5261	-0.2768	0.2385	-0.0203	0.0043	0.3123	-0.0311	0.2331	11.929	0.5666	-1.2316
11	4.7559	-4.1727	-5.0925	4.1449	4.4976	8.2644	-0.3444	-0.053	-0.0182	0.319	0.028	-0.0299	0.6548	-0.2608	0.3135	0.3103	-0.0484	-0.0557	0.2449	0.038	0.2613	0.9349	-2.4058	5.9386
12	7.3805	3.5507	2.9891	4.4779	6.2475	9.7055	-0.2021	-0.4499	0.1605	0.1907	-0.2526	0.2793	0.4336	-0.1879	0.2663	0.3025	0.0364	0.0184	0.3336	-0.0552	0.3453	21.5461	24.0805	30.2935
13	7.7747	6.0577	0.0182	8.2128	-0.4462	4.8992	-0.2943	0.7913	0.3263	-0.4542	0.2405	-0.2364	-0.5336	0.383	0.0048	0.3075	0.0299	-0.0191	0.2663	0.056	0.2519	12.1275	19.5281	8.9898
14	7.7651	1.4967	1.4531	4.5969	0.9103	5.6507	-0.0578	0.1678	0.2085	-0.1698	0.2207	-0.4569	-0.0189	0.649	-0.1585	0.1751	0.0033	0.0039	0.1625	-0.0131	0.2	16.6379	17.1249	13.66
15	4.1269	-2.5075	-1.9967	7.4784	1.9783	4.3989	-0.111	-0.1555	0.7569	0.1176	-0.0457	-0.1697	-0.1501	-0.2618	0.1565	0.201	-0.0227	-0.0603	0.1969	-0.0349	0.2638	5.7436	18.851	23.0951
16	8.8171	-2.1616	2.7782	4.9596	-2.2426	2.6666	-0.1656	0.3459	0.1561	-0.169	0.0815	-0.2403	-0.0205	0.0619	0.0918	0.2423	0.0016	-0.0006	0.2125	-0.0361	0.1665	14.3851	14.7587	14.4597
17	8.403	0.2284	-5.0752	5.8057	2.9972	4.6485	-0.0273	0.268	0.257	0.0364	-0.1099	0.8642	-0.0046	-0.8676	0.1616	0.2319	0.0295	-0.0352	0.2695	-0.0396	0.3263	-4.7678	15.5053	17.64

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 93 through 106 )	B	93 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 107 through 115 )	B	107 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid -7 through 5 )	A	-7 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 6 through 19 )	A	6 - 19
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 20 through 27 )	A	20 - 27
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 28 through 41 )	A	28 - 41
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 42 through 53 )	A	42 - 53
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 54 through 70 )	A	54 - 70
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 71 through 84 )	A	71 - 84
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 85 through 92 )	A	85 - 92
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 93 through 110 )	A	93 - 110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid -7 through 5 )	B	-7 - 5
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 6 through 27 )	B	6 - 27
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 28 through 47 )	B	28 - 47
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 48 through 74 )	B	48 - 74
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 75 through 84 )	B	75 - 84
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 85 through 92 )	B	85 - 92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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