PDB-2jn4: Solution NMR Structure of Protein RP4601 from Rhodopseudomonas pa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jn4

タイトル

Solution NMR Structure of Protein RP4601 from Rhodopseudomonas palustris. Northeast Structural Genomics Consortium Target RpT2; Ontario Center for Structural Proteomics Target RP4601.

要素

Hypothetical protein fixU, nifT

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / Rhodopseudomonas palustris / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

NifT/FixU-like / NifT/FixU / NifT/FixU barrel-like domain superfamily / NifT/FixU protein / nitrogen fixation / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / Nitrogen fixation protein NifT

機能・相同性情報

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Lemak, A. / Srisailam, S. / Yee, A. / Karra, M.D. / Lukin, J.A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of a hypothetical protein RP4601 from Rhodopseudomonas palustris
著者: Lemak, A. / Srisailam, S. / Yee, A. / Karra, M.D. / Lukin, J.A. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2006年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年1月18日	Group: Database references
改定 1.4	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.6	2023年12月20日	Group: Data collection / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.7	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jn4.cif.gz	407.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jn4.ent.gz	337.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jn4_validation.pdf.gz	533.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jn4_full_validation.pdf.gz	703.5 KB	表示
XML形式データ	2jn4_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	2jn4_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/2jn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/2jn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3hil-1 2ke7-d 1sq8-d 5n35-d 6k59-d 4y2k-d 5z2s-d 5jti-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: RpT2 BMRB: 15085

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein fixU, nifT

9.69 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 150	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	all calculated structures submitted

#1: タンパク質	Hypothetical protein fixU, nifT 分子量: 9688.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 遺伝子: fixU/ nifT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Gold Magic / 参照: UniProt: Q6N0Y6

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D HNCA
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D H(CCO)NH
1	6	1	HBHACBCAcoNH 4D projection Reconstruction
1	7	1	HCCCcoNH TOCSY 4D Projection Reconstruction
1	8	1	3D 1H-15N NOESY
1	9	1	3D 1H-13C NOESY
1	10	1	3D HN(COCA)CB
1	11	2	3D (H)CCH-TOCSY (H-TOCSY)
1	12	2	(H)CCH-TOCSY (C-TOCSY)
1	13	2	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.7 mM [U-100% 13C, U-100% 15N] RP4601, 10MM NA ACETATE, 400MM NACL, 10MM ZNSO4, 10MM DTT, 0.01 NAN3, 1MM BENZAMIDINE, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.7 mM [U-100% 13C, U-100% 15N] RP4601, 10MM NA ACETATE, 400MM NACL, 10MM ZNSO4, 10MM DTT, 0.01 NAN3, 1MM BENZAMIDINE, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.7 mM	RP4601	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
0.6 mM	RP4601	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2

試料状態

イオン強度: 400mM NACL / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	1.3	Bruker Biospin	collection
NMRPipe	2.6	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	3.106	Goddard	peak picking
Sparky	3.106	Goddard	データ解析
Sparky	3.106	Goddard	chemical shift assignment
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNS	1.1	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: all calculated structures submitted

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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