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万見
- PDB-2jm4: The solution NMR structure of the relaxin (RXFP1) receptor LDLa m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jm4
タイトルThe solution NMR structure of the relaxin (RXFP1) receptor LDLa module.
要素Relaxin receptor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / LDL-A module / RXFP1 receptor / LGR7
機能・相同性
機能・相同性情報


lung connective tissue development / nipple morphogenesis / Relaxin receptors / parturition / myofibroblast differentiation / hormone binding / G protein-coupled peptide receptor activity / hormone-mediated signaling pathway / extracellular matrix organization / G protein-coupled receptor activity ...lung connective tissue development / nipple morphogenesis / Relaxin receptors / parturition / myofibroblast differentiation / hormone binding / G protein-coupled peptide receptor activity / hormone-mediated signaling pathway / extracellular matrix organization / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Relaxin receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily ...Relaxin receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Relaxin receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Hopkins, E.J. / Bathgate, R.A.D. / Gooley, P.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The NMR solution structure of the relaxin (RXFP1) receptor lipoprotein receptor class A module and identification of key residues in the N-terminal region of the module that mediate receptor activation
著者: Hopkins, E.J. / Layfield, S. / Ferraro, T. / Bathgate, R.A.D. / Gooley, P.R.
履歴
登録2006年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / diffrn ...database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Relaxin receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5762
ポリマ－4,5361
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 100lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Relaxin receptor 1 / Relaxin family peptide receptor 1 / Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 7 / LDLa module


分子量: 4536.005 Da / 分子数: 1 / 断片: LDL-receptor class A, residues 23-63 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXFP1, LGR7 / プラスミド: pGEV-LDLa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): trxB / 参照: UniProt: Q9HBX9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D HNCO
1223D HNCA
1323D HN(CA)CB
1423D CBCA(CO)NH
1523D HBHA(CO)NH
1623D C(CO)NH
1723D H(CCO)NH
1812D 1H-15N HSQC
1922D 1H-15N HSQC
11023D (H)CCH-TOCSY
11113D HNHA
11213D 1H-15N NOESY
11323D 1H-13C NOESY
11413D HNHB
11523D HACAHB
11622D 1H-13C HSQC
11732D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM 15N RXFP1-LDLa, 10 mM calcium chloride, 50 mM acetic acid, 90% H2O, 10% D2O, pH 5.5 (adjusted with NaOH)sample_190% H2O/10% D2O
solution21.5 mM 13C, 15N RXFP1-LDLa, 10 mM calcium chloride, 50 mM acetic acid, 90% H2O, 10% D2O, pH 5.5 (adjusted with NaOH)sample_290% H2O/10% D2O
solution31.0 mM 10% 13C, 90% 12C RXFP1-LDLa, 10 mM calcium chloride, 50 mM acetic acid, 90% H2O, 10% D2O, pH 5.5 (adjusted with NaOH)sample_390% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMRXFP1-LDLa[U-15N]1
1.5 mMRXFP1-LDLa[U-13C; U-15N]2
1.0 mMRXFP1-LDLa[U-10% 13C]3
10 mMcalcium chloridenatural abundance1
10 mMcalcium chloridenatural abundance2
10 mMcalcium chloridenatural abundance3
50 mMacetic acidnatural abundance1
50 mMacetic acidnatural abundance2
50 mMacetic acidnatural abundance3
試料状態pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 303.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.106Goddardデータ解析
NMRPipe2.3Delaglio,Grzesiek,Vuister,Zhu,Pfeifer,Bax解析
X-PLOR NIH2.9.9Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore精密化
CYANA1.0.7Guntert,Mumenthaler,Wuthrich構造決定
NMRView5.2.2Johnsonデータ解析
ProcheckNMR3.5.4Laskowski, MacArthur精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 24 / Maximum torsion angle constraint violation: 2.7 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.27 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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